Их зарождение относится к самому началу Смутного времени, когда служилые люди степной окраины, а также многочисленные беглые холопы поголовно переходили на сторону «доброго Государя» Дмитрия Ивановича (Лжедмитрия I) и, вступая в его армию, вливались в ряды донских и украинских казаков. Нередко к ним присоединялись и шайки настоящих разбойников, число которых, внутри страны, резко увеличилось в голодные 1602–1604 гг. Впоследствии казаками становились и вконец разоренные дети боярские, и служилые татары, поселенные в Поволжье и Мещерской земле, и, наконец, мирные жители городов и деревень Русской земли. Одних в казачью службу вела вера в «истинного Государя Дмитрия Ивановича», других — стремление нажиться или просто выжить в огне гражданской войны, третьих же забирали в станицы насильно. Причем, казачьи отряды можно было встретить не только у «Тушинского вора» и иных самозванцев, но и на стороне царя Василия Шуйского или среди защитников Новгорода от шведов (1611 г.); стоило полякам оказаться в Кремле, как все они откликнулись на призыв патриарха Гермогена и объединились в рядах Земского (Первого) ополчения. Вообще, в то время не нашлось в стране более принципиальных противников любого иноземного владычества, чем казаки!
Однако какой бы высокий идеал не отстаивали бы эти ратники, сами но себе они оказались страшным бедствием для своей родины, своего рода воплощением Смуты. Опьяненные примером жизни разгульной вольницы, нахлынувшей с окраин Дикого поля, и порвавшие с вековым укладом жизни предков, многие из них быстро теряли нравственные ориентиры и превращались в настоящих разбойников. Правда, в целом уход из обычной общественной жизни вел не к полному отрыву от всяческих традиций, а к резкой их перемене. Большинство вольных казаков 1610-х гг. никогда нс бывали на Дону или Волге, что не мешало им придерживаться принесенного оттуда внутреннего уклада жизни и организации своих новых семей — «станиц». Из казачьих отрядов, как с Дона, «выдачи не было»; существовали они за счет грабежа или поборов с мирного населения (т. н. «приставств»), жалованья от того или иного государя или, в крайнем случае, ремесла и рыбной ловли — при запрете на обработку земли и отказе от семейной жизни. Последнее, впрочем, соблюдалось уже не строю, и в 1613–1614 гг. казаков в походах нередко сопровождали их «венчальные» и «невенчальные» жены.
Военная организация была довольно проста: во главе станицы стоял выбранный казаками атаман, власть которого в походе была непререкаемой; в помощники себе тот назначал «войскового есаула» из опытных воинов, а знамя вручал знаменщику или хорунжему. Иногда эти отряды делились на десятки, члены которых были объединены круговой порукой; у многих кашков имелись т. н. «помощники» — «чуры», из молодых, насильно взятых в станицы людей, не имевших права голоса на общем казачьем «круге». Численность станиц колебалась от десятков до сотен; в «земской», а затем — и в царской службе несколько отрядов составляли «воеводский полк» какого-либо знатного дворянина, а в случае самовольного ухода со службы — «войско» во главе с походным атаманом.
Казачий образ жизни, вполне оправданный и жизнеспособный в Диком поле, в пределах охваченной Смутой страны привел к диким насилиям и жестокостям. И в 1611–1612 гг. вольные казаки, казалось бы, защищавшие великое «земское дело» и само православие, безжалостно разоряли и убивали крестьян и помещиков, грабили на дорогах и нс щадили зачастую даже Божьих церквей и монастырей. Именно «очищение Московскою государства от воров» провозгласили своей главной задачей вожди Второго ополчения ки. Дмитрий Михайлович Пожарский и Козьма Минин, что сразу привлекло к ним симпатии и мирных, и служилых людей. Летом 1612 г. вольные казаки отступили перед силой «всея земли», причем одни из них перешли в полки Пожарского, другие заняли выжидательную позицию в «полку кн. Трубецкого» (остатки Первого ополчения), а третьи с атаманом Заруцким и последним самозванцем («Иваном Дмитриевичем») откатились на юг страны. И все же, после очищения Москвы от поляков организованная и сплоченная масса этих воинов осталась весьма грозной силой — силой, которая не замедлила заявить свой взгляд на судьбу Московского государства на Земском соборе в феврале 1613 г.