Барбасена послал Силверио с письмом к вице-королю в Рио-де-Жанейро, и после этого доносчик регулярно поставлял сведения о Тирадентисе Луису де Васконселос. Священник Ногейра де Лима, выполнив поручение Тирадентиса и выходя от Силверио, столкнулся в дверях дома с сыном мастера Пауло Лоуренсо, который затем рассказал Силверио, где живет священник Ногейра де Лима. Силверио немедленно помчался с доносом к вице-королю. Мы знаем, как развивались дальнейшие события. Не желая сразу раскрывать карты, вице-король решил запутать следы и, арестовывая всех лиц, с которыми встречался Тирадентис, приказал задержать и Силверио. Однако это было сделано только для виду, и надежды Силверио получить королевское вознаграждение за предательство полностью оправдались.
Расследование по делу заговорщиков велось одновременно в Минасе и Рио-де-Жанейро. Причем в столице вице-королевства по приказу Луиса де Васконселос еще за три дня до ареста Тирадентиса уже назначили писца и судью для ведения предстоящего процесса. Но на первом этапе основное расследование велось в Вила-Рике. Волна террора и насилия прокатилась по всей территории Минаса. Аресты производились по любому доносу; дома, фазенды подвергались бесчисленным обыскам. Солдаты врывались в квартиры и от имени властей шарили по комодам в поисках ценных предметов. Награбленное отбирали потом офицеры, но никогда ничего не попадало в казну. Конфисковывались рабы и даже одежда. Время от времени по дороге из Вила-Рики в Рио солдаты вели группы арестованных.
Вице-король, недовольный действиями Барбасены, метал громы и молнии. Луис де Васконселос хотел закончить подготовку к процессу как можно быстрее, а его племянник отправлял из Вила-Рики новых и новых арестованных, предварительно подолгу занимаясь снятием допросов в казематах столицы капитании Минас. Подготовка процесса вызвала столкновение различных интересов. Судьи, назначенные для ведения процесса Тирадентиса, делали попытки оправдать замешанных в заговоре коллег, с которыми вместе когда-то учились в университете Португалии. Личные же враги заговорщиков спешили воспользоваться создавшимся положением и отомстить за все неприятности, причиненные им кем-либо из арестованных. Приближенные Барбасены выбирали себе жертвы.
Как мы уже говорили, некоторые из заговорщиков, очутившись в тяжелом положении, не проявили должной твердости духа и оказались не на высоте положения. Так, например, бывший студент университета в Коимбре, Домингос Видал Барбоза, племянник полковника Оливейро Лопеса, во время предварительного допроса в Вила-Рике струсил и пытался свалить всю вину на Алвареса Масиела. Он рассказал о встречах Жозе Жоакина да Майя с Томасом Джефферсоном и от себя приплел, что Жозе Жоакин да Майя намеревался еще раз встретиться с американским консулом. Узнав из допроса Домингоса Видала Барбозы о встрече в Ниме, Барбасена очень серьезно отнесся к такому сообщению и 30 июня 1789 года потребовал от судьи в Вила-Рике еще раз детально допросить Домингоса Видала Барбозу и выяснить все подробности контактов бразильских студентов в Португалии с представителями иностранных держав.
Вице-король получил несколько доносов из Вила-Рики, в которых обвинялся не кто иной, как сам виконт де Барбасена. Правда, ему не приписывали участия в заговоре, а вменяли в вину якобы мягкое отношение к некоторым арестованным, например, к подполковнику Франсиско де Паула, Алваресу Масиелу, сержанту-мору Толедо Пице и к Гонзаге.
Военным помощником Барбасены являлся подполковник Жоан Карлос Ферран, дядя невесты Гонзаги Марии Доротеи. Анонимный доносчик из Вила-Рики утверждал, что Барбасена, уступая просьбе Феррана, не собирается арестовывать Гонзагу. Однако к тому времени, когда донос пришел к вице-королю, Гонзагу не только арестовали, но и доставили в Рио-де-Жанейро.
В свою очередь, Барбасена пребывал в чрезвычайно скверном настроении, считая себя обойденным. Он рассчитывал быть центральной фигурой на процессе Тирадентиса, поскольку, по его словам, основная заслуга в раскрытии заговора принадлежала ему, Барбасене. Желая нейтрализовать возможные действия губернатора Минаса, вице-король направил несколько подразделений из Рио в Вила-Рику, Сан-Жоан-дел-Рей и Игрежа-Нова Верные же Барбасене войска перевели из Вила-Рики в Рио. Таким образом, губернатор Минаса теперь все время находился под наблюдением войск, присланных из Рио и непосредственно подчиненных вице-королю, а не губернатору.
22 мая 1789 года в крепости на острове Кобрас Тирадентиса подвергли первому допросу. После того как судья Жозе Педро Машадо Коэльо Торрес и писец Марселино Перейра Клетто исполнили все формальности, они велели ответить Тирадентису, знает ли он, за что был подвергнут аресту. Тирадентис в то время принял решение полностью отрицать существование заговора и поэтому ответил, что не знает мотивов, по которым его бросили в темницу.