Однако вместо триумфа ему пришлось вынести унижение: Коллоредо не позволил своему «лакею» играть в присутствии царственной особы. Не желая больше терпеть произвол, Вольфганг подал в отставку, но был не просто уволен, а выставлен, как уверяет историк Шлейнинг, «одним пинком ноги, превратившим слугу в свободного художника».
Моцарт остался в городе, который считал превосходным местом для приложения любых способностей, особенно музыкальных. В Вене он зарабатывал преподаванием, публикациями, выступлениями в салонах, не пренебрегал открытыми концертами и сочинением на заказ. Когда Иосиф II выразил желание развивать национальную оперу, композитор представил ему «Похищение из сераля» – оперу в традициях зингшпиля, с либретто на немецком языке, со сложными ариями и мощной оркестровкой. Впрочем, последнее было понято не сразу. Императору музыка показалась странной, и композитор вместо похвалы удостоился замечания, сразу ставшего крылатой фразой: «Слишком много нот». Тем не менее само произведение имело большой успех и способствовало тому, что автор получил долгожданное, хотя и незначительное место камерного музыканта Его Императорского Величества. Теперь Моцарт имел хорошее жалованье и много свободного времени, ведь ему вменялось писать мелодии для танцев. Даже по столичным меркам оклад его был велик; не каждый венский композитор мог платить за большую квартиру, держать слуг и собственный выезд. Однако и такие деньги в доме Моцарта не задерживались, большей частью из-за расточительности и неумения хозяина вести финансовые дела. Периодические материальные трудности стали постоянными, после того как 26-летний композитор женился на Констанции Вебер, девице красивой, но легкомысленной и более расточительной, чем он сам. Можно предположить, что именно ее чертами наделены главные героини опер «Дон Жуан» и «Так поступают все женщины» (иначе «Все они таковы, или Школа влюбленных»), написанных в 1787–1790 годах вместе с Да Понте.
Последние годы своей короткой жизни Моцарт провел в столице, откуда изредка выезжал в Берлин, где надеялся получить постоянное место, во Франкфурт, где ему заказали музыку для коронационных торжеств, и с теми же целями в Прагу, где новому королю была представлена опера «Милосердие Тита». По возвращении в Вену Моцарт завершил и поставил «Волшебную флейту», соединившую в себе черты простонародного зингшпиля, историко-легендарной оперы, сказки и литургической драмы с отчетливо выраженным масонским подтекстом: к тому времени автор успел вступить в ложу и проникнуться идеями этого общества.