По словам дочери ученого Антони Шмидт-Крепелин, в последние годы жизни Э. Крепелин серьезно увлекся изучением буддизма, даосизма, конфуцианства и в целом восточной философии и восточных духовных практик. Он также планировал посетить буддийские святыни, но так и не успел осуществить свое желание.
Кроме того, последние годы жизни Э. Крепелин посвятил работе над новым, усовершенствованным и дополненным, переизданием своего знаменитого «Учебника психиатрии». Это переиздание увидело свет уже после смерти Э. Крепелина. В качестве почетного ректора и почетного профессора он продолжал оказывать помощь в работе и консультировать по различным вопросам новое руководство Германского Института психиатрических исследований и нового заведующего кафедрой психиатрии Мюнхенского университета.
В 1926 году Э. Крепелину исполнилось 70 лет. Он не только не пожелал как-либо отмечать юбилей, но и запретил друзьям и ученикам поздравлять его. В результате намеченное официальное празднование его юбилея не состоялось. Летом того же 1926 года Э. Крепелин отдыхал на озере Лаго-Маджоре в Италии. Известно, что он планировал новую поездку в Голландскую Ост-Индию (частью которой тогда был ранее исследованный им остров Ява), с тем чтобы вместе со своим учеником И. Ланге продолжить исследования в области транскультуральной психиатрии.
Однако в августе 1926 года Э. Крепелин впервые почувствовал себя плохо, и ему пришлось отложить планировавшуюся поездку в Голландскую Ост-Индию. Вскоре Крепелин заболел гриппом, быстро осложнившимся гриппозной пневмонией. После короткой и скоротечной болезни, 7 октября 1926 года, в возрасте 70 лет Э. Крепелин умер в Мюнхене от гриппозной пневмонии. Всего за три дня до смерти Э. Крепелин успел надиктовать предисловие к шестому переизданию своего учебника и закончил редактировать его второй том. Перед кончиной Э. Крепелин распорядился, чтобы в его похоронах участвовали только самые близкие, чтобы церемония прошла максимально скромно, тихо и незаметно, и запретил проводить какие бы то ни было официальные мероприятия в связи с похоронами.
На памятнике, установленном на могиле Э. Крепелина, высечена эпитафия «Dein Name mag vergehen. Bleibt nur Dein Werk bestehen» («Твое имя могут забыть. Не позволяй, чтобы забыли о твоем деле»).
Научные заслуги Э. Крепелина
Экспериментальный подход – начало научного пути
Еще в студенческие годы Э. Крепелина заинтересовали возможности применения методов экспериментальной психологии в психиатрических исследованиях, в частности, разработка и реализация психологического эксперимента как на больных с психическими заболеваниями, так и на здоровых добровольцах, и последующая интерпретация полученных результатов с извлечением важных для клинической психиатрии данных. Для Э. Крепелина не существовало науки без возможности экспериментальной проверки гипотез. Он стремился сделать психиатрию столь же научной, сколь научными были современные ему химия или физика, где уже в то время широко применялся экспериментальный подход. Это служило крайне важной цели: повысить авторитет психиатрии среди других областей медицины.
До Э. Крепелина у молодых врачей и студентов, выбирающих будущую медицинскую специальность, существовало довольно презрительное, высокомерное отношение к психиатрии как к специальности якобы ненаучной, сугубо описательной, феноменологической, а то и оперирующей полумистическими непознаваемыми категориями вроде «души». Бытовало среди студентов и молодых врачей и представление, что «в психиатрию идут двоечники, не способные освоить хирургию либо боящиеся вида крови». В определенной степени действительно было так. Э. Крепелин, активно внедряя в психиатрию методы экспериментальной психологии и доказывая, что она является настоящей наукой, очень способствовал разрушению представления о низком статусе психиатрии и связанной с ним стигматизации тех, кто все-таки избрал эту специальность, и притоку в бурно развивавшуюся психиатрию начала XX века новых молодых талантов.
Более того, Э. Крепелин считал, что именно методы экспериментальной психологии способны дать ключ к сквозному (всеобъемлющему) и глубокому пониманию природы и нарушенных, и здоровых психических процессов. В этом он расходился и с В. Гризингером, и со своим первым учителем Б. фон Гудденом, и с Т. Мейнертом, которые считали, что ключом к познанию здоровых и болезненных психических процессов является вовсе не изучение экспериментальной психологии, а, напротив, максимально глубокое и тщательное изучение анатомии, физиологии и гистологии головного мозга как в норме, так и при психических заболеваниях.