На одном из листов Атлантического кодекса есть орнаментальный рисунок с надписью в центре: «Academia Leonardi Vi[n]ci», о которой упоминает и Вазари[72]. Долгое время он служил основой представлений о том, что при дворе Лодовико Моро вокруг Леонардо сложился научный кружок, подобный тому, какой существовал при дворе Лоренцо Великолепного в виде так называемой Платоновской академии под руководством гуманиста Марсилио Фичино, однако к концу XIX в. эта гипотеза была оставлена. В настоящее время считается, что под академией Леонардо можно подразумевать учеников художника и некоторых его друзей – например, архитекторов Донато Браманте и Джакомо Андреа ди Феррару, медиков Джулиано и Альвизе Марлиано, судя по записям Леонардо снабжавших его книгами, алхимика Томмазо Мазини по прозвищу Зороастро, а также монаха-математика Луку Пачиоли, появившегося при дворе Лодовико Моро в 1496 г.[73]
Вазари утверждал, что «в математике за те немногие месяцы, что он ею занимался, он сделал такие успехи, что, постоянно выдвигая всякие сомнения и трудности перед тем учителем, у которого он обучался, он не раз ставил его в тупик»[74]. К сожалению, он не сообщил, кем был этот учитель. С одной стороны, это мог быть его коллега по кружку Тосканелли Бенедетто д’Абако, поскольку одна из записей Леонардо гласит: «Пусть маэстро д’Абако покажет тебе квадратуру круга». С другой стороны, это мог быть и Лука Пачиоли, так как другая запись Леонардо гласит: «Выучись у маэстро Луки умножению корней». Известно, что Пачиоли попросил Леонардо нарисовать несколько иллюстраций к написанному им трактату «О божественной пропорции». В записи, вошедшей в одну из Виндзорских тетрадей по анатомии, Леонардо наставлял: «Пусть не читает меня согласно моим принципам тот, кто не является математиком» (W. An IV, fol. 14v), а в Парижском кодексе G утверждал, что «никакой достоверности нет в науках там, где нельзя приложить ни одной из математических наук, и в том, что не имеет связи с математикой» (fol. 36v)[75]. Однако многосторонние интересы Леонардо не ограничивались математикой. В его записных книжках тех лет сохранились наброски военных машин, подводных и летательных аппаратов, впрочем, так и оставшихся на стадии проектирования.