Оставался еще один человек, которому, несмотря на все подозрения, удалось избежать наказания. Ожидая развития событий, принцесса Елизавета находилась в безопасности в поместье Эшридж-Хаус, графство Хартфордшир. Стало ясно, что восстание Уайетта было задумано с целью возведения Елизаветы на престол вместо ее сестры, впрочем, доказательства участия принцессы в заговоре отсутствовали. Личных слуг Елизаветы допросили в Тауэре под угрозой повешения. Сама Елизавета сослалась на болезнь, но ее тоже вызвали в Лондон и уже 18 февраля доставили в столицу в паланкине. В знак своей невинности принцесса проследовала по улицам города вся в белом; по описанию испанского посла, ее бледное лицо «было исполнено гордости, высокомерия и презрения». Посол, равно как и его господин, настаивали на казни Елизаветы. По всему Лондону разлетелись сенсационные новости о чудесном голосе, раздававшемся из крепостной стены. Когда кричали «Боже, храни королеву», ответа не было; но стоило лишь воскликнуть «Боже, храни леди Елизавету», как в ответ звучало «Да будет так». Легковерность толпы поистине не имеет пределов. Естественно, «чудо» объяснялось всего лишь проделками служанки.
Королева отказалась увидеться со своей сестрой, и Елизавете предоставили покои во дворце Уайтхолл, где она находилась под пристальным наблюдением. Принцесса провела в заключении несколько недель, а в начале апреля ее допросил королевский тайный совет. Советники обвинили Елизавету в пособничестве мятежникам, но она с негодованием отвергла это заявление, упорно продолжая все отрицать. В конце концов советники решили, что ее следует перевести из Уайтхолла в Тауэр, и, когда принцессе об этом объявили, она впала «в глубокую скорбь». Несложно понять причины такого отчаяния. Ее мать была заключена в Тауэр незадолго до своей казни, да и саму принцессу вполне могла постигнуть та же участь. Попросив об отсрочке, Елизавета написала королеве письмо, в котором сетовала на судьбу: «Кажется, мое положение таково, что я признана виновной без ответа и достоверных доказательств, ибо без каких-либо четких оснований Совет Ваш по Вашему же повелению приказывает перевести меня в Тауэр, место более привычное для невинно осужденных изменников, нежели для верноподданных». Далее она заявляла, что «никогда не предпринимала, не советовала и не одобряла такого дела, которое могло бы причинить Вам какой бы то ни было вред».
На письмо Мария не ответила. «Что ж, в таком случае, — по слухам, проговорила Елизавета, — если нет другого выхода, то мне остается смириться». Ее доставили в Тауэр на барже и высадили на берег у подъемного моста. «Вот ступает на берег верноподданный, — объявила она конвою и тюремным надзирателям, — верноподданный, преданнее которого еще ни один арестант не всходил по этим ступеням». В тот день лил невероятно сильный дождь, и Елизавета, охваченная унынием, присела на близлежащий камень.
— Мадам, — обратился к ней лейтенант Тауэра, — вам лучше укрыться от дождя; сидеть здесь вредно для вашего здоровья.
— Лучше сидеть здесь, нежели в месте еще более страшном, ибо, видит Бог, я не представляю, что ждет меня.
Елизавету под конвоем провели в крепость, запирая все двери за ее спиной. Она не могла быть уверена, что когда-нибудь снова окажется на свободе. Позднее в разговоре с французским послом она признавалась, что от отчаяния хотела написать своей сестре с просьбой, чтобы ее, как и мать, обезглавили мечом, а не топором. Однако вскоре для Елизаветы были сделаны некоторые послабления; к середине апреля ей позволили гулять в «преддверии» здания тюрьмы, наслаждаясь садом Тауэра. Впереди нее всегда шли два стражника, а еще двое — позади. Тем временем другим заключенным было приказано «даже глаз не поднимать в том направлении, в котором находится ее светлость».
Через пять дней после заключения в Тауэр Елизавету еще раз допросили. Как она связана с Уайеттом и прочими мятежниками? Получала ли она от них письма или сообщения? Принцесса отвечала отрицательно, утверждая, что не знала ни о мятежниках, ни о том, что они делали. Объявив себя невиновной, она потребовала предъявить доказательства своей измены. Доказательств не было. «Милорды, — сказала принцесса, — вы в самом деле очень пристально за мной следите». Елизавета продолжала держать себя с властным спокойствием; опасность научила ее лицемерию и изворотливости.
18 мая принцессу освободили из Тауэра и отправили в Вудсток, графство Окфордшир, под надзор сэра Генри Бедингфилда. Говорят, что одним из своих бриллиантов она процарапала на оконном стекле особняка следующие строки:
И она оставалась узницей. На холме, с которого открывался вид на поместье, расположился отряд солдат, и никто не мог попасть на территорию без разрешения сэра Бедингфилда.