Во время борьбы с мергитами и найманами Чингисхану в 1207 году подчинился первый тюркский народ — киргизы на Енисее; впоследствии они восстали против него ив 1218 году были усмирены старшим сыном Чингисхана Джучи[129], перешедшим через Енисей по льду. В то время уже не было, как в VIII веке, киргизского хакана; народ разделялся на две части, имевшие каждая своего предводителя; ни тот, ни другой не назывался ханом. Впоследствии киргизы даже утратили воспоминание о том, что у них когда-либо были ханы. Радлов слышал у кара-киргизов предание, по которому киргизы обратились к «великому хану», то есть Чингисхану, с просьбой дать им в князья своего сына Джучи; Джучи, в то время маленький мальчик, попал в стадо куланов (диких ослов) и был уведен ими; Аксак («хромой») Кулан-Джучи-хан был первым и последним ханом киргизов. Несмотря на фантастичность рассказа, в нем сохранилось воспоминание о подчинении Чингисхану и его сыну Джучи. Даже рассказ о куланах, может быть, представляет отголосок предания о стихах, будто бы произнесенных Чингисханом на тюркском языке в 1227 году после получения известия о смерти Джучи: «Подобно кулану, лишившемуся (вследствие преследования охотниками) своего детеныша, я разлучен со своим детенышем; подобно разлетевшейся в разные стороны стае уток, я разлучен со своим героем-сыном».
В 1209 году, за год до победы хорезмшаха над кара-китаями, Чингисхану подчинился предводитель другого, более культурного тюркского народа — идикут уйгурский, до тех пор находившийся в вассальной зависимости от кара-китайского гурхана. Этот факт находился в связи с преследованием бежавших на запад врагов Чингисхана; мергиты и найманы хотели пройти через владения идикута, но встретили с его стороны сопротивление и были разбиты, что более всего способствовало отделению друг от друга этих двух народов, до тех пор действовавших сообща. В 1211 году, через год после победы над кара-китаями хорезмшаха, объявившего себя освободителем мусульман от ига неверных, подданным Чингисхана признал себя другой вассал гурхана, мусульманский владетель карлукский Арслан-хан.
Этот факт свидетельствует об упадке авторитета хорезмшаха даже среди мусульман Средней Азии. Вообще личные качества хорезмшаха как государя находились в полном противоречии с его громкими титулами и внешним блеском его державы; в покоренных странах он совершенно не был в состоянии сдерживать свое войско и защищать население от притеснений воинов. Этим объясняется такой характерный факт, как разрыв в 1212 году между хорезмшахом и самаркандским ханом, вновь перешедшим на сторону кара-китаев. В рассказе Джувейни о переговорах, предшествовавших этому разрыву, интересна подробность, что после женитьбы самаркандского хана на дочери хорезмшаха мать хорезмшаха, желая подольше удержать хана в Ургенче, ссылалась на тюркский обычай, по которому зять первый год после брака должен был прожить в доме тестя. Вернувшись в Самарканд, хан в полном согласии с жителями своей столицы поднял восстание против своих мусульманских освободителей, и хорезмшаху пришлось подавить это восстание потоками крови.
После этого границей владений хорезмшаха сделалась местность по Сырдарье (в том числе и правое побережье) на всем пространстве от Ферганы до Аральского моря; остальные мусульманские области, прежде подчинившиеся кара-китаям, за исключением подчинившегося Чингисхану карлукского владения, перешли под власть предводителя пришедших с востока найманов Кучлука, христианина, по некоторым известиям перешедшего в государстве кара-китаев к идолопоклонству, то есть, вероятно, к буддизму. По-видимому, Кучлук завладел государством гурхана в 1211 году, еще до восстания против хорезмшаха самаркандского хана. Хорезмшах вступил в борьбу с Кучлуком, но не имел успеха; по словам Ибн аль-Асира и Якута, он был вынужден отказаться в пользу Кучлука от некоторых уже занятых им областей, а именно от Исфиджаба (Сайрама), Ташкента и северной части Ферганы; покидая эти области, он будто бы опустошил их и увел с собою население. Может быть, таковы были намерения хорезмшаха, но едва ли ему удалось вполне осуществить их; то состояние, в котором находились эти области менее десяти лет спустя, в эпоху монгольского нашествия, не свидетельствует о полном опустошении.