После смерти Чингисхана Угэдэй был избран императором и переехал в Монголию, где построил город Каракорум и несколько дворцов как в самом городе, так и в его окрестностях и где, очевидно, осуществлял все права государя, не считаясь с правами Тулуя как наследника отцовского юрта, то есть Монголии. Несмотря на подчинение Чагатаю земель до Самарканда и Бухары, Мавераннахром управлял Махмуд Ялавач, живший в Ходженте и назначенный не Чагатаем, а Угэдэем; таково было положение еще в 636 / 1238–1239 году, во время народного, преимущественно крестьянского восстания против монголов в Бухаре. Вскоре после этого Чагатай, не посоветовавшись с братом, низложил Махмуда и назначил вместо него другого наместника. Когда Махмуд пожаловался Угэдэю, Чагатай в ответ на запрос послал брату извинительное письмо. Угэдэй удовлетворился этим, утвердил распоряжение Чагатая и пожаловал Махмуду Мавераннахр во владение (употреблен монгольский термин
Одной из причин смут в Монгольской империи было отсутствие закона о престолонаследии. После смерти каждого хана подвергался долгому обсуждению вопрос о его преемнике; требовалось признание его всеми членами ханского рода и торжественное возведение его на престол при их участии, для чего созывался курултай; воля предшествующего хана принималась во внимание, но не связывала безусловно царевичей. Между смертью хана и курултаем, на котором происходило восшествие на престол его преемника, проходило несколько лет; правительницей в это время считалась вдова умершего, но ее власть признавалась не всеми, и многие царевичи произвольно распоряжались в своих областях, не считаясь с правами главы империи.
Таким смутным периодом был уже период после смерти Угэдэя (1241 год) и до возведения на престол (вопреки воле умершего, назначившего другого наследника) его сына Гуюка[163] (1246 год). Среди прочих в это время почувствовал себя небезопасным в своем наместничестве Масуд-бек и ушел к Батыю; но еще до избрания Гуюка он вернулся, и, как наместник, явился на курултай 1246 года. Гуюк утвердил его наместником «Мавераннахра, Туркестана и других областей».
Гуюк умер в 1248 году; после него престол перешел к потомству другого сына Чингисхана, Тулуя, ив 1251 году был провозглашен главой империи старший сын Тулуя, Мункэ. Тотчас после его вступления на престол возникло дело о действительном или мнимом заговоре против него многих царевичей из рода Чагатая и Угэдэя; обвиненные в заговоре царевичи частью были казнены, частью подвергнуты изгнанию; произошел почти полный разгром улусов Чагатая и Угэдэя. Формально эти улусы не были уничтожены; вдова Гуюка осталась в его орде в Эмиле, вдова Кара-Хулагу[164], внука Чагатая, Эргэнэ-хатун[165], осталась владетельницей орды Чагатая; но в действительности вся власть перешла к домам Тулуя и Джучи, а Мункэ-хан в 1253 году говорил Рубруку: «Как солнце распространяет повсюду лучи свои, так повсюду распространяется владычество мое и Батыя». По словам Рубрука, граница между сферами влияния Мункэ и Батыя проходила к востоку от Таласа, так что часть земель улуса Джучи входила в сферу влияния Мункэ.