Во время смут, как всегда, временные и частные интересы должны были получить преимущество перед общими интересами империи. Таковы были, по рассказу историков, уже те действия, к которым прибегал в 1260-х годах Алгуй для утверждения своей власти в Средней Азии; еще более характерно сознательное разорение в 1273 году персидскими монголами Бухары как опорного пункта для наступления на Персию из Туркестана. Бухара не только быстро оправилась от монгольского нашествия 1220 года, но достигла в первые десятилетия монгольского владычества такого процветания, какого не достигала прежде. Джувейни называет Бухару городом, подобного которому не было в мусульманском мире; Марко Поло (его отец и дядя провели в Бухаре три года, 1262–1265) — лучшим городом по всей Персии, то есть в странах, где говорили по-персидски. Даже восстание против монгольского владычества в 1238–1239 годах не отразилось на благосостоянии города; Махмуд Ялавач сумел убедить монголов, и в особенности хана Угэдэя, что уничтожать богатый город из-за преступления нескольких мятежников было бы не в интересах правительственной власти. Иначе действовали во время смут отдельные ханы и царевичи, для которых были важны не столько доходы, которые мог доставить город за долгий период, сколько возможность немедленно получить в свое распоряжение значительные средства. С 1260-х годов Бухара несколько раз подвергалась поборам и разграблению; даже после события 1273 года город все еще мог привлекать грабителей, и остатки его доставили большую добычу двум мятежным царевичам, сыновьям Алгуя. После этого Бухара в течение семи лет (вероятно, 1275–1282 годы) не существовала вовсе, и только со вступлением на престол Тувы могли быть приняты меры для ее восстановления.
То, что говорится в источниках о Бухаре, наверное, повторялось и в других местах, о которых наши сведения еще более скудны. Джемаль Карши посвящает отдельные главы различного размера нескольким городам (Алмалык, Кашгар, Хотан, Ходжент, ферганские города, Шаш, то есть Ташкент, Барчкенд и Дженд) с краткой характеристикой каждого города и кратким перечислением происходивших из него ученых и других замечательных людей. Следы упадка отмечаются в Кашгаре, который в то время был разорен, и в Дженде, который «в прежнее время был большим городом», хотя и в то время в нем происходила оживленная торговля. Только о Кашгаре сообщается, что он подвергся нашествию
В XIII веке продолжались, хотя и очень медленно, исламизация и отюречение Туркестана. Еще при Чингисхане произошло обратное тому, на что рассчитывал Кучлук: те из кара-китаев, которые уцелели во время занятия края монголами, приняли мусульманскую одежду. Положение мусульман теперь было лучше в бывших владениях кара-китаев, чем в бывшем государстве хорезмшаха Мухаммеда. В Самарканде в 1221 году старшины были поставлены из представителей разных народов; главный начальник был человеком китайской культуры из кара-китаев; мусульмане могли владеть садами и пашнями только сообща с китайцами, кара-китаями или другими. Несколько лет спустя, при Угэдэе, наместником Самарканда и Бухары был назначен человек с китайским именем или титулом