Расположение хора и главной капеллы в середине среднего нефа, а также размещение в нефах надгробных памятников и многочисленных статуй мешают восприятию четкости архитектурных линий, идущих в глубину к восточной части собора. Но благодаря грандиозности отдельных архитектурных фрагментов это не умаляет впечатления большой свободы пространства собора. Пространство завораживает зрителя не четкостью своих перспективных планов, как в соборах Франции, а их живописным сопоставлением. Кроме того, свобода пространства собора как бы увеличивается от капелл, расположенных не только в деамбулатории, что обычно для готических французских соборов, но также и по обеим длинным сторонам боковых нефов. Капеллы чрезвычайно разнообразны и по планам и по стилю их оформления- это и готика, и Ренессанс, и барокко (всего двадцать капелл). В них покоятся герои, принцы и прелаты Толедо. Каждая капелла обычно посвящается кому-нибудь из святых и носит его имя. Разнообразие стилей капелл произошло оттого, что они строились постепенно и даже иногда для постройки новых капелл сносились старые. Так, например, капелла XII века, посвященная Фоме Кентерберийскому, была приобретена во второй четверти XV века графом Альваро де ла Луна, расширена и переделана в стиле поздней готики. Предназначенная для усыпальницы семьи де ла Луна, она посвящена покровителю Испании апостолу Иакову и носит название капеллы Сантьяго. Но здесь присущая этой поре готики нарядность еще более увеличена внесением мавританских мотивов, придавшим капелле фантастическую пышность. Капелла покрыта звездообразным куполом, нервюры которого повторяют полумесяц герба фамилии де ла Луна. Ее стены, включая люнеты, покрыты орнаментикой причудливого рисунка. Капелла отделена от обхода хора каменной тонкой резьбы решеткой, вделанной в готическую арку, откуда она и освещается. В середине капеллы стоит гробница герцога Альваро де ла Луна всемогущего министра Хуана II, обезглавленного в 1453 году в результате заговора аристократии, видевшей в нем приверженца нарождающегося абсолютизма. Бурная жизнь герцога и его стойкость во время казни впоследствии не раз служили сюжетом литературных произведений. Здесь же находится гробница его жены Хуаны Пиментель. Гробницы были заказаны дочерью герцога Марией де ла Луна в 1489 году известному в то время скульптору Пабло Ортису (даты рождения и смерти неизвестны) и отличаются благородством композиции и мастерством выполнения. На гробнице Альваро де ла Луна среди пышных декоративных мотивов в стиле поздней готики помещены рельефы с аллегорическими фигурами добродетелей и ангелы, держащие герб. На саркофаге в спокойной позе лежит статуя умершего, у его ног видна фигурка сидящего пажа со шлемом в руке, отличающаяся непосредственной живостью изображения. Жизненны и выразительны образы стоящих на коленях по углам гробницы рыцарей Сантьяго, к ордену которого принадлежал Альваро де ла Луна. Подолы их мантий, стелясь по земле сложными складками, образуют своего рода пьедестал, придавая устойчивость памятнику. Гробницу герцогини сторожат изображения четырех стоящих на коленях монахов францисканцев. Введение подобных взятых из жизни фигур в надгробные памятники как бы перебрасывает мост к искусству Возрождения.
Здесь же у стены в готическом обрамлении помещена гробница сына Альваро де ла Луна — Хуана. В том же году, когда были заказаны гробницы, началась работа над заалтарным образом капеллы (раскрашенное дерево). Авторами этого ретабло называют архитектора Педро Гумиэля (работавшего на рубеже XV и XVI вв.), упомянутого выше как одного из авторов главного алтаря собора, а также скульптора Санчо де Самора и живописца Хуана де Сеговия [6], находившихся под влиянием немецкого позднеготического искусства, что и сказалось в некоторой жесткости манеры выполнения. В середине ретабло внизу изображено «Снятие с креста», по сторонам — Альваро де ла Луна в одежде рыцаря и его жена в сопровождении покровительствующих им св. Франциска и св. Антония Падуанского. В центре ретабло находится статуя Сантьяго, выше — мадонна с младенцем в окружении ангелов, по бокам — различные почитаемые в Испании святые.
Внешний вид капеллы Сантьяго напоминает небольшую крепость благодаря зубцам, венчающим карниз, и сторожевой вышке у контрфорсов.