Хуан де Боргонья сумел придать школе живописи Толедо (он работал там с 1494 по 1531 г.) особый отпечаток — это глубокая жизненность образов и благородство колорита, что особенно заметно в росписях собора. Возможно, отец его был бургундцем и родственником Фелипе Бигарни. По всей вероятности, Хуан де Боргонья учился в Италии, так как в какой-то степени в его творчестве чувствуется влияние Гирландайо. В работах Хуана де Боргонья больше всего привлекают благородство форм, стройность композиционного построения, лиричность настроения, тонкий психологизм и умение передать пространство в любимых им пейзажных фонах, в которых чувствуется ощущение свежести природы. Нередко также фоном в его картинах служит архитектура в стиле Ренессанса. Его произведения отличаются слаженностью пространственных планов. Привлекательны и его светлые краски, передающие ощущение световоздушной среды. Так, в росписи «У Золотых ворот» действие происходит у подножия арки портика в стиле Ренессанса с башней в глубине. Слева виден скалистый пейзаж, среди скал — небольшая фигурка Захария и ангел, возвещающий ему о рождении сына. У края, справа, — девушка, исполненная сочувствия, слева — пилигрим с собакой. Сцена «Обрезание» передана на фоне величественного готического собора. Полны драматизма сцены «Снятие со креста» и «Оплакивание Христа». Уходящие вдаль пейзажи со скалами, покрытыми деревьями, как бы раздвигают стены зала. Полон лиризма пейзаж в фреске «Воскресение».
Каждое изображение отделено от другого стройными колонками, покоящимися на консолях; по верху проходит фриз с орнаментом по мотивам итальянского Ренессанса. Это архитектурное обрамление как бы вводит зрителя в пространство данной сцены, сливая это пространство с реальным пространством зала. Ниже этих росписей идет исполненный Хуаном де Боргонья живописный фриз с портретами семидесяти двух толедских архиепископов, начиная со св. Евгения и кончая кардиналом Сиснеросом (1526). Портреты идеализированы, но благодаря разнообразию типов они производят большое впечатление. Портреты живших позже архиепископов писались постепенно, по мере назначения их архиепископами. Портреты архиепископов Лоренсано и Бурбона принадлежат кисти Гойи. Все архитектурные детали, украшающие зал, сделаны из гипса и покрыты разноцветной росписью и позолотой. Потолок перекрыт звездообразными кессонами в мавританском стиле. Он выполнен Диего Лопес де Арена. В центре находится герб кардинала Сиснероса. Жизненность изображенных сцен, свежесть колорита, красочность орнаментальных украшений с их богатым разнообразием мотивов, живописность раскрашенного потолка — все это сливается в чрезвычайно нарядный гармоничный ансамбль, что делает этот зал одним из великолепнейших по красоте интерьеров собора. Безусловно, работа производилась Хуаном де Боргонья с помощниками под его руководством. Богато декорирована и комната перед залом капитула, в ее росписях преобладает мотив цветов в вазах. Дверь, ведущая в зал капитула, представляет собой как бы последний отголосок стиля мудехар. Она выполнена Бернардино Бонифасио (1510).
Обширный позднеготический двор собора тоже был расписан Хуаном де Боргонья, но эти росписи не сохранились, они были заменены в XVIII веке работами Байеу. Сохранились росписи Хуана де Боргонья в мосарабской капелле собора (1514). Они являются своего рода историческим документом. Их тема — поход кардинала Сиснероса в Оран: «Прибытие кардинала на корабле в Оран», «Отъезд кардинала в Карфаген», «Корабль с пленниками» и др. Сцены полны правдивости, их персонажи как бы взяты из жизни, что подчеркивается изображением современных автору предметов. Таковы корабль и лодка, плывущие по морю, вид крепости и строений на берегу, доспехи воинов- испанцев и пестрые одежды африканцев. В этой капелле имеются росписи Хуана де Боргонья и религиозного содержания: «Тайная вечеря», где Христос как бы произносит речь, обращаясь к ученикам, «Богоявление» и другие. В одной из фресок изображен «Сад с узорчатыми деревьями».
Мосарабская капелла была пристроена к собору по заказу кардинала Сиснероса в связи с возобновлением мосарабского богослужения. Капелла перекрыта высоко вздымающимся куполом. Внешне купол представляет стройное сферическое сооружение на восьмиугольном барабане. Купол был возведен взамен предполагавшейся южной башни собора, которая должна была соответствовать построенной раньше северной башне. Автор купола- Хорхе Теотокопули, сын Греко.
Много непосредственности, свежести и силы красок в ретабло работы Хуана де Боргонья в капелле св. Евгения в соборе (1516), в серии сцен которого рассказана жизнь Христа с его рождения до распятия.
В это же время в соборе Толедо работал другой выдающийся живописец раннего испанского Возрождения — Педро Берругете, но его произведений в соборе не сохранилось. В Толедо имеется только одна его работа — ретабло в церкви Санта Каталина.