Греко не сразу поселяется в Толедо, он уезжает в Мадрид для исполнения заказов Филиппа II. Возможно, что вначале это и было целью поездки в Испанию честолюбивого живописца, узнавшего о приглашении королем иностранных мастеров. Но написанные Греко для Филиппа II картины «Поклонение имени Христа» и «Мученичество св. Маврикия», особенно последняя, не понравились королю. Оригинальность творчества Греко пришлась не по вкусу королю, любившему искусство Тициана и других знаменитых венецианцев. Обиженный Греко вернулся в Толедо, где и протекала остальная часть его жизни. Все здесь было по душе Греко: прошлое Толедо с его героикой и романтикой, оригинальный с налетом мудехаризма архитектурный облик города, скалистые пейзажи, напоминающие пейзажи Крита, и немалое количество живущих здесь соотечественников, бежавших из Турции и из Армении, с которыми Греко жил в тесном контакте. Его, безусловно, привлекала и интенсивная интеллектуальная жизнь Толедо с ее относительной свободой. С некоторыми представителями интеллигенции, такими, как братья Кастильо, доктор Грегорио де Ангуло, братья Коваррубиас и другими, он был связан дружбой на долгие годы.
Греко поселяется в большом, состоящем из двадцати четырех комнат доме — бывшем дворце маркиза де Вильена. В начале XX века искусствоведом маркизом де ла Вега Инклан была восстановлена в стиле XVI века часть владений и устроен Дом- музей Греко. С его террасы открывается тот же великолепный вид на окрестности Толедо, которым любовался когда-то Греко. Воссоздан был и интерьер дома, где жил художник. Но о личной жизни Греко мало известно. По этому поводу существует много догадок, но пока все они остаются лишь догадками. Известно, что у Греко была большая библиотека; список книг ее сохранился. Среди них много греческих: истории Плутарха и Ксенофонта, поэзия Гомера, трагедии Еврипида, диалоги Аристотеля, басни Эзопа. Имелся ряд книг на итальянском языке: поучения отцов церкви, произведения Тассо, Петрарки, диалоги Патрицци, оказавшие большое влияние на искусство Греко; много книг по теории архитектуры. В комнатах его дома висело немало написанных им картин, так как каждую выполненную картину Греко сохранял в виде маленькой копии. В мастерской его было много восковых фигурок, служивших ему моделями. Об этом рассказывает Пачеко, известный теоретик искусства Испании конца XVI — начала XVII века, посетивший Греко в 1611 году. Он сообщил и о том, что Греко написал трактат о живописи, скульптуре и архитектуре. Но теоретический труд Греко об искусстве, который мог бы многое рассказать о творчестве Греко, потерян.
Интеллектуально рафинированная среда Толедо способствовала созданию своеобразного искусства Греко, воплотившего свои художественные идеи в особых, лишь ему присущих, формах, воплощенных блестящими, светящимися красками интенсивно желтых, синих, насыщенно зеленых, золотистых, горящих карминных тонов, созданных его гениальной кистью. Пронизанные сильным светом, эти краски сливаются в гармонично звучащий аккорд. Эта сила выражения, этот экспрессионизм и заставил в XX веке восстановить славу давно забытого искусства Греко. Эмоционально насыщенное творчество Греко пришлось по вкусу тонким ценителям искусства, среди которых преобладали представители духовной и светской интеллигенции Толедо.