После этого, проведя в Иудее около восьми месяцев, Христос удаляется на время в Галилею, причем по дороге, в самарийской области, обращает к вере население целого самарянского городка (4:1-44). В Галилее Он встречает довольно радушный прием, так как галилеяне были свидетелями тех чудес, какие Христос совершил в Иерусалиме на празднике Пасхи. Христос, однако, такую веру объявляет недостаточной (4:45-54). Однако, по Иоанну, Христос в это пребывание Свое в Галилее, продолжавшееся, по-видимому, около семи-восьми месяцев — до праздника Кущей (праздник иудейский в 5:1), жил в кругу Своего семейства, не выступая с проповедью Евангелия: Он хочет, очевидно, прежде всего возвестить Евангелие в Иудее и для этого идет в Иерусалим на праздник Кущей. Здесь, по поводу совершенного Им исцеления в субботу, представители иудейства начинают обвинять Его в нарушении закона Моисеева, а когда Христос, в оправдание Своего поступка, указал им на Свои особые права как Сына Божия, равного с Богом Отцом, то ненависть к Нему иудеев выразилась в задуманных ими мерах устранить Христа, которые, однако, на этот раз не были приведены в исполнение ввиду огромного впечатления, которое, без сомнения, оказала сказанная здесь Христом речь в защиту Своего Мессианского достоинства (5:1-47). Отсюда у Иоанна и начинается изображение той борьбы, какую повели против Христа официальные представители иудейства, — борьбы, закончившейся решением иудейских властей "взять Христа" (11:57).
Не принятый вторично в Иудее, Христос снова удалился в Галилею и стал совершать чудотворения, конечно, проповедуя при этом Евангелие Царства Божия. Но и здесь учение Христа о Себе как о таком Мессии, который пришел не восстанавливать земное Иудейское царство, а основать новое Царство — духовное и сообщить людям жизнь вечную, вооружает против Него галилеян, и около Него остаются только немногие ученики, именно 12 апостолов, веру которых выражает Апостол Петр (6:1-71). Проведя в этот раз в Галилее и Пасху, и Пятидесятницу ввиду того, что в Иудее враги Его только и ждали случая схватить и умертвить Его, Христос только в праздник Кущей снова пошел в Иерусалим — это уже третье путешествие туда и здесь опять выступил перед иудеями с утверждением своего божественного посланничества и происхождения. Иудеи снова восстают на Христа. Но Христос тем не менее в последний день праздника Кущей смело заявляет о своем высоком достоинстве — о том, что Он есть податель истиной воды жизни, и посланные Синедрионом слуги не могут исполнить данное им Синедрионом поручение — захватить Христа (гл. 7-я).
Затем, после прощения жены грешницы (8:1-11), Христос обличает неверие в Него иудеев. Он называет Себя Светом мира, а их, врагов Своих, чадами диавола — древнего человекоубийцы. Когда же Он в конце речи указал на предвечное Свое бытие, то иудеи хотели побить Его как богохульника камнями, и Христос скрылся из храма, где происходило препирательство Его с Иудеями (гл. 8). После этого Христос исцелил в субботу слепорожденного, и это усилило в Иудеях еще более ненависть к Иисусу (гл. 9). Однако Христос смело называет фарисеев наемниками, которым не дорого благополучие народа, а Себя — истинным пастырем, который жизнь Свою полагает за паству Свою. Эта речь в одних возбуждает отрицательное к ней отношение, в других — некоторое сочувствие (10:1-21).
Через три месяца после этого в праздник обновления храма между Христом и Иудеями снова происходит столкновение, и Христос удаляется в Перею, куда многие иудеи, уверовавшие в Него, также идут за Ним (10:22-42). Чудо воскрешения Лазаря, свидетельствовавшее о Христе как дарующем воскресение и жизнь, в одних возбуждает веру во Христа, в других врагах Христа — новый взрыв ненависти ко Христу. Тогда-то Синедрион принимает окончательное решение умертвить Христа и объявляет, чтобы тот, кому известно о местопребывании Христа, немедленно донес об этом Синедриону (гл. 11).
По прошествии трех с лишком месяцев, которые Христос провел не в Иудее, Он снова явился в Иудею и, поблизости от Иерусалима, в Вифании присутствовал на дружеской вечере, а через день после этого торжественно вступил в Иерусалим как Мессия. Народ с восторгом встретил Его, а пришедшие на праздник прозелиты-греки выразили желание побеседовать с Ним. Все это побудило Христа возвестить вслух всех Его окружавших, что Он скоро предаст Себя для истинного блага всех людей на смерть. Иоанн заключает этот отдел своего Евангелия заявлением, что, хотя большинство иудеев не уверовало во Христа, несмотря на все чудеса Его, однако среди них были и верующие (12 гл.).