В 423 году в возрасте около 30 лет, уступив настояниям церковного руководства, Феодорит принял архиерейский сан и стал епископом небольшого города Кира, находившегося к востоку от Антиохии. Стоит отметить, что, несмотря на незначительность города, в нем самом и в его епархии было около восьмиста приходов[8]. Здесь блж. Феодорит отдал все свои силы на служение местной церкви и городу в целом, став не только руководителем паствы в вопросах духовных, но и вложив много труда в устройство внешнего — материального благополучия Кира. От этих архипастырских забот и трудов его оторвали события, связанные с деятельностью Нестория, патриарха Константинопольского, бывшего другом Феодориту. Став патриархом, Несторий с 428 года начал открыто проповедовать еретические взгляды о Христе и Божией Матери и потому был осужден свт. Кириллом Александрийским на III Вселенском Соборе 431 года, собравшемся в Ефесе. Феодорит поначалу защищал Нестория и даже написал некоторые сочинения против свт. Кирилла, во взглядах которого видел будто бы возрождение аполлинарианской ереси, смешивавшей Божество с человечеством во Христе и умалявшей человеческую природу Христа. Эти сочинения были впоследствии, век спустя, осуждены Церковью на V Вселенском Соборе 553 года. Но личности блж. Феодорита это осуждение не коснулось. Он также участвовал в «антикирилловском» «соборике восточных», прошедшем в Ефесе в 431 году, после III Вселенского Собора. Впрочем, в 433 году между свт. Кириллом и «восточными», к которым относился блж. Феодорит, было заключено богословское примирение, многое из формулы которого впоследствии легло в основу вероопределения IV Вселенского Собора 451 года. Предполагается, автором этой формулы 433 года был блж. Феодорит.
После победы над несторианством в Церкви наступило затишье, и епископ Кирский, вернувшись на свою кафедру, продолжил архипастырское попечение о вверенной пастве и церковно-писательские труды. Но затишье оказалось всего лишь затишьем перед бурей новой ереси, на сей раз более грозной — монофизитства, так как после кончины свт. Кирилла Александрийского в 444 году на кафедру Александрии вступил его фанатичный племянник Диоскор. Пользуясь покровительством императора Феодосия II и видя в блж. Феодорите одного из главных идейных врагов, он повел против него интриги. Сначала указом императора в 448 году епископ Кирский был фактически заключен под домашний арест с запретом покидать епархию, а в 449 году Диоскор провел в Ефесе так называемый Разбойничий собор, на котором блж. Феодорита, даже не пригласив для ответа, заочно низложили по разным надуманным обвинениям. Он был отправлен в ссылку в один из монастырей в Апамее. Но после кончины Феодосия II и вступления в 450 году на трон православного императора Маркиана был созван Халкидонский IV Вселенский Собор 451 года, утвердивший учение о двух природах во Христе и низложивший Диоскора и Евтихия. На нем блж. Феодорит был восстановлен в епископском сане, а затем после произнесения анафемы на Нестория (произнесенной, правда, не без колебаний) здесь же, на Соборе, был принят в церковное общение как православный архиерей. После этого практически никаких сведений о жизни престарелого Кирского епископа мы не имеем и можем лишь предположить, что он вернулся на кафедру в Кир и закончил свои дни в служении Богу и народу Божиему. Кончина его приходится, по разным предположениям, на 457–466 годы.
Мы не будем касаться всех сторон жизни и деятельности блж. Феодорита, поскольку они хорошо освещены в вышеупомянутых русскоязычных работах, а остановимся лишь на его деятельности как экзегета. По мнению прот. Георгия Флоровского, «Феодорит принадлежит к числу самых замечательных экзегетов древности»[9]. Как замечают К. Морескини и Э. Норелли, «Феодорит совмещал экзегетические и теологические интересы, и вдобавок к этому он основывал свое богословское мышление на экзегезе»[10]. Й. Кастен считает, что, «хотя Феодорит не претендовал на оригинальность, его экзегетические произведения находятся в числе ярчайших образцов Антиохийской школы»[11], а Шарль Каннегиссер называет Феодорита, как и его современника Кирилла Александрийского, одним «из последних величайших грекоязычных экзегетов. После них наступает время компиляторов и составителей катен»[12].