Несколько раз правительственным войскам удавалось разбить мятежников. Но стоило Пугачеву бежать от преследователей, как вокруг него тотчас стихийно возникало новое войско, и опять начиналась кровавая вакханалия. Наконец, осенью 1774 года, разгромленный в очередной раз под Царицыным, Пугачев бежал в Заволжье, и его сподвижники-казаки собрали круг и решили сдать «государя». К величайшей досаде А.В.Суворова, отозванного с турецкой войны и мчавшегося что есть мочи, чтобы доблестно расправиться с бунтовщиком, великий полководец опоздал и получил лишь сомнительную честь сопровождать Пугачева в Москву в специально скованной для преступника клетке. Это шествие было торжественным и долгим. Все должны были видеть, к чему приводит самозванство. В Симбирске Петр Панин в присутствии несметной толпы горожан допрашивал Емельку, а потом стал бить его по лицу и драть ему бороду. Пугачев упал на колени и просил у генерала прощения. Так, полагал Панин, все увидели уничижение самозванца. Но народное сознание устроено как-то иначе, по другим законам. Народная легенда изобразила сцену на площади Симбирска с точностью до наоборот: будто бы вывели Пугачева на площадь, а генерал Панин, как его увидел, да в ноги повалился, да закричал: «Государь, прости! Не признал тебя!» С досадой читала запись этого слуха Екатерина.
В дороге Пугачев простудился и заболел. Охрану это сильно обеспокоило, ведь от государыни был строжайший указ: довезти самозванца до Москвы живым, чтоб волос с его головы не пал! Его нужно было обязательно судить и публично казнить, чтобы сомнений ни у кого не осталось – самозванец уничтожен и нигде уже не объявится. В каком-то доме была устроена постель, и Пугачева на нее уложили. Ночью он подозвал сопровождавшего его майора Рунича и, как пишет тот, «прерывчатым голосом, со вздохом, сказал: “Если не умру в сию ночь или в дороге, то объявляю вам, чтобы доведено было до Ея императорского величества государыни императрицы, что имею ей одной открыть такие тайныя дела, кои, кроме Ея величества, никто другой ведать не должен, но чтоб был к ней представлен в приличном одеянии донского казака, а не так, как теперь одет”».
Пугачев решил воспользоваться известным с древнейших времен правом человека донести самое секретное, «верхнее» дело самому государю. Это была типичная уловка томящегося в ожидании казни преступника, и обычно такие просьбы не удовлетворяли, хотя тюремщики и не имели права скрывать их от царя – а вдруг варник что-то знает из дел секретных, государственных? Несколько раз Петр Великий выслушивал такие сверхсекретные доносы приговоренных к смерти узников. Вероятно, и Пугачев хотел потянуть время, а самое главное, недаром он попросил, чтобы его переодели в красивый казачий кафтан. Он хотел, представ перед государыней, произвести на нее впечатление – мужчина он был видный.
Но извещенная о просьбе Пугачева императрица от свидания с ним благоразумно уклонилась – ей было достаточно истории с Долгополовым. И кроме того, она понимала, что в народе тотчас пойдут разговоры о ее трогательной встрече с чудесно воскресшим «супругом».
Пугачева привезли в Москву, и он-таки попал в Большой Кремлевский дворец, правда, в кандалах. Он предстал перед судебной комиссией, которая решала судьбу самозванца и его сообщников. Накануне Екатерина из Петербурга в письмах к генерал-прокурору А.Вяземскому настаивала, чтобы приговор мятежнику не был особенно жестоким. В одном из своих писем она высказывала опасение, что «Европа подумает, что мы еще живем во времена Иоанна Васильевича Грозного». Но не только мнение Европы ее беспокоило. Как мудрый государственный деятель Екатерина понимала, что жестокость вообще не приносит пользы и мира обществу и при наказании нужно обходиться минимумом насилия. Она даже очертила контуры будущего приговора: «При экзекуциях чтоб никакого мучительства отнюдь не было и чтоб не более трех или четырех человек» казнили; «Не должно быть лихим для того, что с варварами дело имеем». Однако судьи, вопреки воле государыни, приговорили Пугачева к особо жестокой смертной казни через четвертование: «Единодушно приговорили и определили: за учиненные злодеяния бунтовщику и самозванцу Емельке Пугачеву в силу прописанных божеских и гражданских законов учинить смертную казнь, а именно: четвертовать, голову взоткнуть на кол, части тела разнести по частям города и положить на колеса, а после на тех же местах сжечь».