Обострение классовой борьбы и идейно-политическое размежевание русского общества и литературы не могло не отразиться и на деятельности Гончарова в эти годы. Как и другие литераторы дворянско-буржуазного либерального лагеря, Гончаров страшился крестьянской революции и заявлял: «Россия переживает теперь великую эпоху реформ». Он не сочувствовал деятельности герценовского «Колокола». К революционно-демократическому движению, к идеям социализма Гончаров отнесся отрицательно, считая их беспочвенными, «крайними». Дальнейшее развитие России писатель представлял себе в буржуазно-реформистском духе.
Еще в 1856 году, по возвращении из путешествия, Гончаров, вынужденный поступить на службу, становится цензором. В эту пору, еще до отмены крепостного права, Гончаров как цензор нередко проявлял сочувственное отношение к прогрессивным явлениям литературы. Так он способствовал новому изданию запрещенных в течение нескольких лет «Записок охотника» Тургенева, сборника стихотворений Некрасова, разрешил к печати роман Писемского «Тысяча душ». Благодарный Писемский писал Гончарову: «…Вы были для меня спаситель и хранитель цензурный: вы пропустили 4-ю часть „Тысячи Душ“ и получили за то выговор. Вы „Горькой судьбине“ дали увидеть свет божий в том виде, в каком она написана. Все это я буду до конца моих дней помнить».
Однако в 60-е годы цензорская деятельность Гончарова принимает реакционный характер. В 1862 году он назначается редактором официальной газеты «Северная почта», а потом членом Совета по делам печати. В этой должности Гончаров давал заключения о политическом направлении органов печати, отдельных произведений, журнальных статей и т. д. Царская цензура жестоко преследовала демократическую журналистику и печать. В деятельности Гончарова резко проявились антидемократические тенденции. Они сказались в его отрицательной оценке романа «Что делать?» Чернышевского, в преследовании им журнала «Русское слово» Писарева и статей критика-демократа, в которых Гончаров усматривал отрицание религии, «жалкие и несостоятельные доктрины социализма и коммунизма».
В 1867 году Гончаров уходит в отставку, осознав, повидимому, что цензорская деятельность не к лицу русскому писателю.
В 1869 году в либеральном журнале «Вестник Европы» появился третий и последний роман писателя – «Обрыв». Гончаров работал над ним двадцать лет. Замысел «Обрыва» возник почти одновременно с замыслом «Обломова». Рассказывая о своем посещении Симбирска в 1849 году, Гончаров пишет: «Тут толпой хлынули ко мне старые, знакомые лица, я увидел еще не отживший патриархальный быт, и вместе новые побеги, смесь молодого со старым. Сады, Волга, обрывы Поволжья, родной воздух, воспоминания детства – все это залегло мне в голову».
При первоначальном замысле в романе должна была быть широко разработана тема «лишнего человека», традиционная для литературы дворянского периода русского освободительного движения. В то же время уже тогда, Гончаров почувствовал появление в русской действительности людей нового склада и новых стремлений. «В первоначальном плане романа, – указывал писатель, – на месте Волохова у меня предполагалась другая личность – также сильная, почти дерзкая волей, не ужившаяся, по своим новым и либеральным идеям, в службе и в петербургском обществе, и посланная на жительство в провинцию, но более сдержанная и воспитанная, нежели Волохов. Вера также, вопреки воле бабушки и целого общества, увлеклась страстью к нему и потом, вышедши за него замуж, уехала с ним в Сибирь, куда послали его на житье за его политические убеждения». Сложившееся в 60-е годы враждебное отношение Гончарова к революционно-демократической интеллигенции изменило этот первоначальный замысел романа в сторону обличения «нигилизма». «Тогда под пером моим прежний, частью забытый, герой преобразился в современное лицо…» – свидетельствует сам Гончаров в статье «Намерения, задачи и идеи романа „Обрыв“», опубликованной лишь после смерти писателя.
В первой части романа, рисуя столичную светскую среду, Гончаров подвергает острой критике бездушный и холодный аристократизм, ханжество и высокомерие высших дворянско-бюрократических кругов, представленных в романе в образах старого светского жуира Пахотина, эпикурейца-бюрократа Аянова, «великолепной куклы» Беловодовой и др. Гончаров считал, что «большой свет» давно порвал с русскими нравами, русским языком, пропитан эгоизмом и космополитическими настроениями. Жизнь высшего светского общества рассматривается Гончаровым в связи с ненавистной ему обломовщиной. Так Аянов – тот же обломовец, для которого цель жизни – чин тайного советника, спокойная служба с высоким окладом в каком-нибудь ненужном комитете, «а там, волнуйся себе человеческий океан, меняйся век, лети в пучину судьба народов, царства – все пролетит мимо его…» В образе Беловодовой, по словам писателя, представлена «стена великосветской замкнутости, замуровавшейся в фамильных преданиях рода, в приличиях тона, словом в аристократическо-обломовской неподвижности».