Как бы то ни было, Михаил был избранник мирских людей и потому должен был держать их сторону, сторону братств. Патриарх действовал в том же смысле. В Вильне 1589 года он издал окружную грамоту епископам о низвержении из сана священников двоеженцев и троеженцев, с выговором, что пинский епископ Леонтий утаил таких в своей епархии. В грамоте этой патриарх говорит, что он слышал от многих благоверных князей, панов и всего христианства и сам глазами своими видел, как позволялось священнодействовать двоеженцам и троеженцам. Тогда же Иеремия благословил учредить братство в Вильне у церкви св. Троицы, которое обязывалось раздавать милостыню по госпиталям, тюрьмам и нищим по улицам два раза в год – на Светлое воскресенье и на Рождество Христово; обязывалось в школе даром учить детей братских и других убогих сирот языкам: русскому, греческому, латинскому и польскому; для науки школьной содержать людей ученых, печатать книги церковные и школьные на языках греческом, славянском, русском и польском. Иеремия же подтвердил прежние постановления и права Львовского братства, а также и новые: 1) Не быть другому общественному училищу во Львове, кроме училища братского, в нем одном учить православных детей священному писанию, славянскому и греческому языкам. 2) Братство имеет право печатать не только церковные книги: часословы, псалтири, апостолы, минеи, триоди, требники, синаксари, евангелия, метафрасты, торжественники, хроники или летописцы и прочие богословские книги, но и другие нужные для училища, именно грамматику, пиитику, риторику и философию. 3) Священника, избранного братством к церкви Успения, епископы львовские должны благословлять без всякой отговорки и противоречия; братство же и удаляет от должности священника, если он станет жить неприлично.
Но, согласившись на поставление Рагозы по представлению мирских людей, Иеремия, спустя немного времени, в знак ласки и благоволения своего, дал старшинство над всеми епископами, экзаршество – должность, старшую в духовных делах, – епископу луцкому, Кириллу Терлецкому, видя в нем мужа искусного, ловкого и ученого. Экзаршество, или наместничество патриаршее, состояло в том, что Терлецкий имел право исправлять всех епископов, блюсти за порядком между ними, негодных извергать. Что побудило Иеремию на установление такой важной должности подле митрополичьей, отнять у митрополита почти все значение и передать епископу луцкому? Успел ли Терлецкий разными средствами подбиться к патриарху, представить ему неспособность Рагозы, опасную силу мирских людей, выразившуюся при назначении Михаила, свою собственную обиду при этом? Действительно ли патриарх, признавая неспособность Михаила в такое опасное и бурное время, спешил облечь властию своего наместника – человека более ловкого и деятельного? А быть может, и сами мирские люди, знатные паны, видя, что обидели Терлецкого, обойдя его митрополией и не желая лишиться помощи такого деятельного и ученого человека, содействовали или, по крайней мере, нисколько не мешали назначению его экзархом? Источники не отвечают на эти вопросы, и потому, оставя все предположения в стороне, заметим одно, что назначение Терлецкого экзархом было странно и вредно.
Смуты начались еще прежде, чем патриарх успел выехать из пределов Западной России. Терлецкий наговаривал патриарху на других епископов, Мелетий владимирский уличал Терлецкого в насильственном поступке с посланцем патриаршим; Иеремия послал сказать митрополиту, чтобы созвал собор для решения этих дел и заплатил ему, патриарху, пятнадцать тысяч аспр (250 талеров) за поставление, ибо если бы Рагоза должен был за этим поставлением ехать в Константинополь, то дороже бы ему стало; митрополит, недовольный патриархом, который поставил его митрополитом, давши всю власть другому, подчиненному епископу, отвечал посланному: «Не обязан я ничего давать патриарху, и собора теперь созвать не могу». Митрополит был недоволен учреждением экзархата в пользу Терлецкого; Терлецкий был недоволен тем, что, несмотря на звание экзарха, не пользовался полною доверенностью патриарха, который велел созвать на него собор; Гедеон Балабан львовский был сильно недоволен тем, что патриарх подтвердил права ненавистного ему братства; тем же самым должны были быть недовольны все вообще епископы, которых ставили под цензуру мирских людей. Между привилегированным Братством Успенским во Львове и другими – непривилегированными, меньшими братствами встала рознь: в 1590 году четверо граждан львовских с другими потаковниками своими, принадлежа к братствам Никольскому, Федоровскому и Богоявленскому, соединились с епископом Гедеоном и стали вооружаться против Успенского братства и его школы, уговаривая многих не посещать ее. Митрополит Михаил, заступаясь за Успенское братство, отлучил их от церкви.