Сначала Хованский хотел устроить тюрьму и посажать туда всех оговоренных; но 13 мая к Никону в соборную церковь пришли стрельцы с женами и детьми и били челом, чтоб государь их пожаловал, не велел оговоренных товарищей их стрельцов, которые у них на поруках, в тюрьму сажать, а дать бы им наказанье, кто чего достоин, да и отпустить. Никон послал за Хованским и сказал ему: „Прислана государева грамота, велено тебе со мною государево дело ведать: так моя мысль, что надобно исполнить просьбу стрелецкую потому: если всех оговоренных людей посажать в тюрьму, то они все будут ждать себе смертной казни; услышат о том псковичи и будут думать, что все виновные посажены в тюрьму на смерть; тогда государеву делу будет поруха“. Хованский согласился, и большинство оговоренных отдано на поруки. Пришел приговор из Москвы: казнить смертью Жеглова, старосту Андрюшку Гаврилова, Елисейку Лисицу, Молодожникова, Шмару; Хамова и Трегуба бить кнутом нещадно и сослать в Астрахань на вечное житье: других бить кнутом и сослать на Терек, иных в Карпово, иных в Коротояк; иных бить кнутом и отдать на поруки; иных бить батогами и отдать на поруки. Исполнение приговора отложено, однако, до нового указа. Пришел новый указ: посадского человека Якушку да троих стрельцов велено бить кнутом нещадно, троих посадских бить батогами, 162 человека посадских, стрельцов и козаков бить кнутом и отдать на чистые поруки. Указ был исполнен, но между троими стрельцами, которых надобно было бить кнутом нещадно, находился Куземка Меркурьев; стали искать Меркурьева, а он в Москве, отправлен туда воеводою с отписками; 16 июня приехал Меркурьев из Москвы и вместо того, чтоб идти под кнут, подал жалованную царскую грамоту: велено ему быть в пятидесятниках и дано ему пять рублей за то, что с братом своим Фомкою в мятеж отняли у воров Никона и князя Хилкова, убить их не дали.
В Москве были недовольны медленностью Хованского; узнавши об этом, Никон писал государю: „Ведомо мне учинилось, что прислана твоя государева грамота к твоему боярину князю Ивану Никитичу Хованскому, а в ней написано, что боярин твоим государевым делом промышляет мешкотно: но твой государев боярин твоим делом радеет и промышляет неоплошно, да и я ему говорил, чтоб тем делом промышлял не вскоре, с большим рассмотрением, чтоб твое дело всякое сыскалось впрямь; от этого дело и шло медленно, а не по боярскому нерадению; вскоре было такого великого дела сыскать нельзя, а здесь, государь, приходит дело в совершенье работою боярина князя Ивана Никитича Хованского, и работал он тебе тихим обычаем, не вдруг, чтоб не ожесточились; а что промедлилось и в том твоему государеву делу порухи нет: худые всяких чинов люди в сыску; а мешкалось дело и для Пскова“.
Во Пскове гиль опять начал усиливаться с половины марта. Лучшие люди с ужасом увидали, что преступники, сидевшие в тюрьме, ходят одни на свободе: началось сильное воровство, душегубство. Из Москвы отправлен был в Новгород и в Псков новгородец Богдан Арцыбашев с приказом, чтоб вперед в этих городах хлеба на государя не закупали. Исполнив свое поручение в Новгороде, Арцыбашев приехал во Псков 17 марта. Его взяли и поставили пред земскою избою, откуда вышел староста пятиконецкий Меншиков и начал его допрашивать. Кто он? Откуда? и проч. Грамоты у Арцыбашева отняли и между прочими грамоту к архиепископу Макарию от новгородского воеводы Хилкова. Это послужило поводом к новому гилю; ударили в колокола и окружили архиепископа в Рыбницких воротах, когда он возвращался от обедни из Надолбина монастыря. „Для чего списываешься с новгородским воеводою?“ – стали кричать гилевщики Макарию: „По твоему письму он наших челобитчиков послал в Москву скованных, а одного челобитчика под приказ подкинул!“ Архиепископ отвечал, что он писал Хилкову о здоровье, а не об них. Потом начали требовать, чтоб архиепископ выдал им своего сына боярского Турова, который вывел из города Федора Емельянова; Макарий отвечал, что Туров от него сбежал; тогда архиепископа схватили, начали водить по площади и посадили в богадельню на цепь, и сидел он на цепи с час; выпустили его только тогда, когда он обещался к 19 марта сыскать Турова. После этого гиль не прекращался: каждый день набат, круги и советы. 21 марта вывели опять на площадь шведа Нумменса, раздели и пытали полчаса. Арцыбашев сидел в тюрьме на цепи; его допрашивали: чей он холоп, Морозова или Хилкова?