Кирилл Флоринский в доказательство вражды к православию бывшего правительства приводил то, что в Москве, в Китай-городе, возвышается армянская церковь. Синод разделял взгляд Флоринского и в январе 1742 года исходатайствовал у императрицы указ – упразднить армянские церкви в Петербурге, Москве и Астрахани, кроме одной каменной в последнем городе, и впредь не позволять их строить. Синод представил о необходимости уволить священников и причт от хождения к рогаткам на караулы, на пожары и от всяких других полицейских обязанностей, исполнение которых мешает исправлению треб церковных; 7 апреля просьба Синода была исполнена. Обер-прокурором Синода был назначен, как мы видели, князь Яков Шаховской. Он так описывает свое вступление в новую должность: «Явился я в собрание св. Синода, и вступление то мне было не неприятно, ибо того места, так же как и при Сенате, находящийся такого ж ранга экзекутор, уже ожидая моего прибытия, встретил меня на лестнице с несколькими секретарями и прочих нижних чинов канцелярских служителями, с почтением рекомендовался и, очищая мне дорогу, проводил меня до той палаты, где присутствует собрание св. Синода; двери обе половинки отворились, и при тех встретил меня обер-секретарь. Первый издали во оную палату мой взгляд мне был весьма приятен: оная изрядно была убрана, и за столом сидели по обеим сторонам, как помнится мне, восемь или девять духовных особ, архиепископов и епископов и несколько архимандритов, мужей, как своими отменными одеждами, так и благочинными видами привлекающих почтение, и лишь только я приближался к концу того стола, они все в постоянном и ласковом виде встали со своих стульев и один по другом, и в первых преосвященный новгородский архиепископ Амвросий яко старший член, меня поздравлением в том новом чину как в том присутствии сотоварища своего разными словами приветствовать начали, и напротив тех на мои учтивые им о себе рекомендации представляемые весьма ласково мне ответствовали; потом они сели на свои стулья и начатое одно дело, коего для моего входу чтение было остановлено, к решению им представленное, велели читать, а я„увидя для меня по-надлежащему в той же палате приготовленный небольшой стол, подошел, чтоб за него сесть, и, увидя на нем только чернилицу и несколько листов белой бумаги, приказал обер-секретарю, чтоб он духовный регламент, последующие тому в закон указы, также прежде бывших в Синоде обер-прокуроров инструкции и до той должности касающиеся указы и еще же о нерешенных находящихся в Синоде делах, о колодниках и о казенных деньгах обыкновенные реестры мне представил. Обер-секретарь, духовный регламент с своего столика взяв, мне подал, а об указах и о реестре нерешенных дел объявил, что те хотя в собрании и есть, но не весьма обстоятельны, и просил, чтоб я на несколько дней ему в том дал сроку, дабы он все наисправнейшим образом сочинить и мне подать мог; а что-де до прежних здесь бывших обер-прокуроров дел касается, то оных-де как инструкций, так прочих никаких их должностей производств ни одной строки нет, и притом в долгих речах рассказывал мне, как от бывших пожаров и от прочих разных приключений в канцелярии Синода дела многие утрачены и что ныне от разных препятствий дела без описей в разных палатах по ящикам и сундукам содержатся и архивы нет».
Новый обер-прокурор нашел указы Петра Великого, чтоб в церквах во время службы никаких разговоров и хождений для прикладывания к мощам и иконам не было и с нарушителей брать штраф в церковную казну. Шаховской представил Синоду, что эти указы не исполняются, и вследствие этого представления посланы подтвердительные указы. Смотреть за соблюдением указов и сбирать штрафы Сенат назначил определенных в монастыри отставных офицеров, которые должны были записывать штрафы в шнурованные книги при священниках и причетниках, чтоб утайки не было. Синод определил разрешить постройку и возобновление церквей, но позволять освящать их только тогда, когда окажется, что они построены как следует, снабжены всем нужным и священник с причтом будут иметь достаточное содержание. Синод жаловался Сенату, что сибирский губернатор не исполняет указа Петра Великого, которым запрещалось брать духовных людей в светские судебные места без сношения с духовным начальством; Сенат подтвердил указ, распространив его на служителей архиерейских домов и приказчиков.
Но в ноябре 1742 года в Сенат поступила жалоба от коллегии Экономии: архиерейскими домами и разными монастырями остаточных и распроданных вотчин оброчных доходов не только за прошлые годы, начиная с 1730, но и за минувший 1741 и за текущий 1742 по 14 июня не доплачено 44324 рубля; нарочно посланный капрал Старков взыскал на Спасском ярославском монастыре доимку 1806 рублей и готов был ехать в Москву, но келарь этого монастыря Иосиф и строитель Феофилакт запретили его отпускать, подводы с монастыря сбили, Старкова, браня всячески, хотели бить смертно и выборному целовальнику для отдачи той казны в Москву ехать не велели.