Решения долго не было; Бестужев все содержался под арестом в собственном доме. 2 января 1759 года Бестужева вызывали в комиссию, для того чтоб показать ему золотую табакерку с портретом великой княгини и спросить, откуда получил. Бестужев отвечал прямо, что табакерку подарила ему сама великая княгиня во дворце на куртаге за несколько месяцев до его ареста. Это было последнее, что оставалось у следователей; в апреле дело кончилось ссылкою Бестужева в одну из его деревень, именно Горетово Можайского уезда; все недвижимое имущество оставлено за ним, но были взысканы казенные долги. Фельдмаршал Апраксин был переведен из Нарвы поближе к Петербургу, в местность, называемую Четыре Руки, и здесь ему были деланы допросы. Понятно, что в их числе мы не встретим допросов о причинах возвращения к границам после Грос-Егерсдорфской битвы: дело было окончательно решено объяснениями нового главнокомандующего Фермора. Допросы касались переписки Апраксина с Бестужевым и великою княгинею; из ответов обнаруживалось одно: что и канцлер, и великая княгиня побуждали его идти скорее в поход, тогда как прежде в Петербурге оба они были другого мнения. Апраксин оказывался виноват в том, что не имел охоты выступать из Риги и состоял в непозволенной переписке с великою княгинею. Конечно, были рады и этим двум винам, иначе отнятие у него начальства над войском не имело бы оправдания. Апраксин умер внезапно 6 августа 1758 года. Других причастных к делу – Веймарна и Ададурова – наказали почетною ссылкою: первого определили к сибирской военной команде, второго назначили в Оренбург товарищем губернатора. Штамке был выслан за границу; Бернарди сослан на житье в Казань; Елагин – в казанскую деревню.
Но сильно причастна была к делу великая княгиня Екатерина; недозволенная переписка с нею Апраксина и пересылка писем Бестужевым лежали в основании допросов и бывшему канцлеру, и бывшему главнокомандующему. Хотя Екатерина не могла бояться важных обвинений, потому что подозрениями ничего нельзя было доказать, несмотря, однако, на то, положение ее было тяжко: подозрениями ничего нельзя было доказать, но подозрения могли оставаться в голове императрицы; да и кроме подозрения Екатерина знала, как Елисавету должно было раздражить ее вмешательство в дела и значение, ею приобретенное; главнокомандующий, зная решительные намерения государыни, колеблется, сдерживается в их исполнении противоположными желаниями великой княгини. Гнев императрицы, и сильный гнев, несомненен, и где искать защиты от этого гнева, кто преложит его на милость? Люди преданные пали, судятся как государственные преступники, враги торжествуют, великий князь настроен крайне враждебно, в чем, по свидетельству Екатерины, виноват был приблизившийся к Петру голштинец Брокдорф: говоря об Екатерине, Брокдорф выражался: «Надобно раздавить змею». Эстергази доносил своему двору, что великая княгиня два раза присылала к нему Штамке за советом и помощью, давая знать, что все беды постигли ее за усердие к интересам Марии-Терезии. «Но так как, – писал Эстергази, – императрица Елисавета горько жаловалась мне на поведение Екатерины и так как иностранный министр не должен вмешиваться в домашние дела государей, то я отклонил от себя это дело, велевши сказать ей, что всего лучше, если она обратится к посредничеству своего супруга, владеющего полною милостью и доверенностью императрицы». Легко понять, как после такого совета, походившего на самую злую насмешку, должна была Екатерина относиться к Эстергази. Будущее очень мрачно; одно средство выйти из тяжкого положения – это обратиться прямо к Елисавете, которая очень добра, которая не переносит вида чужих слез и которая очень хорошо знает и понимает положение Екатерины в семье. Рассказывали, что Ив. Ив. Шувалов уверил великую княгиню, что императрица скоро увидится с нею и если со стороны Екатерины будет оказана маленькая покорность, то все дело кончится очень хорошо: известие очень вероятное, потому что фаворит старался всюду быть примирителем. С другой стороны, ходили слухи, что великую княгиню удалят из России, слухи несбыточные, потому что Елисавета никогда не решится на такой скандал из-за нескольких писем к Апраксину; но тем лучше, можно отнять у врагов эту угрозу и обратить ее против них самих, переменить оборону в наступление: Екатерину беспрестанно оскорбляют, ей жизнь в России стала невыносима, так пусть дадут ей свободу выехать из России. Великая княгиня пишет императрице письмо, в котором, изображая свое печальное положение и расстроившееся вследствие этого здоровье, просит отпустить ее лечиться на воды и потом к матери, потому что ненависть великого князя и немилость императрицы не дают ей более возможности оставаться в России. После этого письма Елисавета обещала переговорить лично с великою княгинею; посредничество духовника императрицы ускорило свидание.