Относительно управления встречаем известия об игуменах (архимандритах), экономах и келарях. Избрание игуменов зависело от братии, причем иногда происходили восстания и насильственные смены игуменов. Иногда монахи выбирали себе в игумены из белого духовенства; под 1112 годом читаем в летописи: «Братия Киево-Печерского монастыря, оставшись без игумена, собрались и нарекли себе игуменом Прохора священника (попина); объявили об этом митрополиту и князю Святополку, и князь с радостию велел митрополиту поставить Прохора». Под 1182 годом встречаем следующий рассказ: «Умер блаженный архимандрит, игумен печерский Поликарп, и был по смерти его мятеж в монастыре: никак не могли избрать себе игумена, и братия очень тужила, потому что такому сильному дому не подобало и одного часу быть без пастуха. Во вторник ударили братья в било, сошлись в церковь, начали молиться св. богородице – и чудо! в один голос сказали все: „Пошлем к попу Василию на Щековицу, чтоб был игуменом и управителем стаду черноризцев Печерского монастыря“. Пришли к Василию, поклонились и сказали ему: „Мы все братья и черноризцы кланяемся тебе и хотим иметь тебя отцем игуменом“. Поп Василий изумился, поклонился им и сказал: „Отцы и братия! мысль о пострижении была у меня; но с какой же стати вы придумали выбрать меня себе в игумены?“ Много спорил он с ними, наконец согласился, и монахи повели его в монастырь». Касательно отношения Киево-Печерского монастыря к великому князю киевскому замечательны слова св. Феодосия, сказанные им пред кончиною князю Святославу: «Се отхожю света сего, и се предаю ти монастырь на соблюдение, еда будет что смятенье в нем; и се поручаю игуменство Стефану, не дай его в обиду». Но в некоторых рукописных патериках прибавлено: «И да не обладает им ни архиепископ, ни ин никто же от клерик софийских, но точию заведает им твоя держава и по тебе дети твои и до последних роду твоему». Согласно с этим есть предание, что Андрей Боголюбский утвердил независимость Печерского монастыря от киевского митрополита, назвавши монастырь лаврою и ставропигиею княжескою и патриаршею.