Осенью 1910 г. Ремизов приступил к подготовке собрания сочинений, так как 10 октября передал права на публикацию всех своих произведений, в том числе и тех, которые будут написаны во время действия договора, до 1 января 1918 г., издательству «Шиповник» (авторскую копию договора см. среди писем к нему С. Ю. Копельмана: РНБ. Ф. 634. Оп. 1. Ед. хр. 129. Л. 9-10; впоследствии «Шиповник» переуступил свои права издательству «Сирин», которое в 1912 г. повторило все восемь томов). «Часы» были включены во второй том вместе с повестью «В плену» и рассказом «Пожар» под общим заглавием «Рассказы» (жанровое определение «роман» в составе «Сочинений» писатель сохранил только для «Пруда», убрав также и подзаголовки «повесть»). Этот том вышел в свет 8 января 1911 г. Характер и количество ремизовской правки позволяют говорить о принципиально новой, второй редакции романа. В первую очередь, здесь снят эпиграф, введено понятие «глава» в членения текста внутри частей, расширен ряд эпизодов (например, гораздо более подробно повествуется о Нелидове: в частности, выясняется, что он бывший чиновник, актер и учитель, что учился вместе с Сергеем Клочковым и впоследствии казненным студентом Федоровым в университете, что у него была невеста, которая умерла). Кроме того, Ремизов переименовывает многих героев романа, а безымянным дает имена. Если в первой редакции фамилией Клочков наделяется только Костя, причем лишь в самом конце романа, то во второй и другие члены семьи, и появляется она в первых же строках. Христина Федоровна превращается в Христину Михайловну Клочкову, ее дочь Еленушка – в Иринушку, кухарка Ольга – в горничную Фросю, а князь Елаваров – в князя Мыловарова. Лидочка получает фамилию Лисицына, Нелидов имя Владимир Николаевич, а студент, в которого влюблена Катя, называется Кузнецовым. И наконец, в текст вносятся значительные стилистические изменения.