1 Кремлевские палаты (Шуйский и Воротынский)
2 Красная площадь
3 Девичье поле
4 Кремлевские палаты (Борис, патриарх, бояре)
5 Ночь. Келья в Чудовом монастыре
6 Ограда монастырская
7 Палаты патриарха
8 Царские палаты
9 Корчма на литовской границе.
Тогда же им был составлен следующий список:
Действующие лица в 1-ой части.
Борис Годунов,
Патриарх Иов
Игумен
Пимен,
Григорий Отрепиев
В. Шуйский,
Воротынский
Василий Щелкалов,
Мисаил,
Варлаам
Злой чернец
Хозяйка
Сторожевые приставы
Народ
Вторую часть трагедии Пушкин закончил 13 сентября 1825 г.
Ее состав таков:
1 Москва. Дом Шуйского.
2 Царские палаты.
3 Краков. Дом Вишневецкого.
4 Замок воеводы Мнишек в Самборе. Уборная Марины.
5 Ряд освещенных комнат.
6 Ночь. Сад. Фонтан.
При этом Пушкин рассчитывал написать еще две части. Однако трагедия была закончена на третьей части. Состав третьей части такой:
1 Граница литовская
2 Царская дума
3 Площадь перед собором в Москве
4 Равнина близ Новгорода-Северского
5 Севск
6 Лес
7 Москва. Царские палаты
8 Ставка
9 Лобное место
10 Кремль. Дом Борисов.
Трагедия была окончена 7 ноября 1825 г.
В рукописи трагедия была озаглавлена: «Комедия о царе Борисе и Гришке Отрепьеве» (у Пушкина было несколько вариантов этого названия).
При окончательной обработке Пушкин уничтожил деление на три части, исключил две сцены (ч. I, сц. 6 и ч. II, сц. 4) и переставил сцены 3 и 4 третьей части.
Главным источником сведений, на основании которых написан «Борис Годунов», была «История государства Российского» Карамзина. Пушкин вполне доверял истинности фактов, сообщенных Карамзиным, хотя и отказывался от его религиозно-монархического истолкования событий. Лишь немногие эпизоды трагедии основаны на источниках, не отразившихся в рассказе Карамзина (например, описание смерти царя Федора, рассказ об исцелении слепца). Некоторые эпизоды и лица вообще не основаны на исторических данных: так, в истории не упоминаются ни Афанасий Пушкин, ни молодой Курбский. Отказавшись от системы «намеков» и «применений», Пушкин тем не менее не скрыл своего отношения к событиям. В трагедии подчеркнута роль народа, «народного мнения», «народного суда», хотя народ и представлен колеблющимся, легко поддающимся внушению.
Пушкин писал в иносказательной форме П. А. Вяземскому сразу после окончания трагедии: «Жуковский говорит, что царь меня простит за трагедию – навряд, мой милый. Хоть она и в хорошем духе писана, да никак не мог упрятать всех моих ушей под колпак юродивого. Торчат!».
По приезде в Москву в 1826 г. Пушкин читал трагедию друзьям (10 сентября у Соболевского, 29 сентября у Вяземского, 12 октября у Веневитиновых). Бенкендорф, узнав об этих чтениях, затребовал у Пушкина рукопись трагедии (письмом 22 ноября, которое Пушкин получил в Михайловском). Трагедия была передана на рассмотрение Ф. Булгарину, который написал отзыв о ней и сделал из нее выписки. Записка Булгарина была представлена Николаю I, который наложил на нее резолюцию: «Я считаю, что цель г. Пушкина была бы выполнена, если б с нужным очищением переделал комедию свою в историческую повесть или роман наподобие Вальтер Скотта». Резолюция эта, подсказанная замечаниями Булгарина, была сообщена Пушкину 14 декабря 1826 г. В ответ на нее Пушкин отказался переделать свое произведение, и потому отпала возможность его напечатать. Из трагедии в печати появились только отрывки: сцена в келье – в журнале «Московский вестник» (1 января 1827 г.), «Граница литовская» – в альманахе «Северные цветы» на 1828 г. (22 декабря 1827 г.) и две первые сцены трагедии – в альманахе «Денница» на 1830 г. (9 января 1830 г.).