Работая над рукописью первой части, Некрасов предугадывал возможные столкновения с цензурой, подыскивал более приемлемые для нее варианты и смягчал наиболее рискованные места. Так, в рассказе о взбунтовавшихся Столбняках он вычеркнул строки, вносившие явно сатирический оттенок в портрет важничающего флигель-адъютанта, который, стараясь нагнать страх на крестьян, выпячивал перед ними «грудь с крестами царскими». Во многих случаях к самоцензуре Некрасов прибегал уже на заключительном этапе работы, во время печатания текста в типографии. В главе «Поп» он смягчил строки о бранно-пренебрежительной кличке, которой народ честит духовенство («Кому вдогон, как мерину, Кричите: го-го-го?..»), хотя, видимо, дорожил ими, так как трижды вписывал их в рукопись, подыскивая подходящее место; из главы «Сельская ярмонка» исключил упоминания о «плюгавом» генерале и вельможных особах, у которых «Грудь с гору, глаз навыкате, Да чтобы больше звезд»; из главы «Пьяная ночь» – строки о трех «дольщиках» («Бог, царь и господин!»). Вполне вероятна автоцензура и в речи солдата в главе «Счастливые», рассказывающего о себе, что он даже в мирное время «не ел по трои суточки» и нещадно бит палками «раз сто за службу верную», и в заменах фамилий князя Шереметьева на Переметьева, а Орлова на Юрлова, чтобы, очевидно, несколько завуалировать явный намек в одном случае на широко известный в России графский род, отпрыски которого занимали высшие посты на государственной службе и стояли близко к царскому двору, в другом – на генерал-адъютанта, шефа жандармов и начальника III Отделения графа (затем князя) А. Ф. Орлова, действительного владельца «Адовщины», описанное в главе «Счастливые».
Время, когда Некрасов публиковал первую часть, в цензурном отношении оказалось особенно неблагоприятным: «Пролог» печатался в январском номере «Современника!» за 1866 г., а судьба журнала, получившего совсем незадолго До того – в ноябре и декабре 1865 г. – одно за другим два предостережения, висела тогда на волоске. Вынужденный соблюдать величайшую осторожность, Некрасов не решился сразу вслед за «Прологом» печатать последующие главы; объявленного в «Современнике» при публикация «Пролога» «продолжения впредь» так и не последовало, хотя после этого вышло еще три номера журнала и был подготовлен четвертый. Эта была одна из жертв, принесенных Некрасовым цензуре в надежде спасти свой журнал в сложнейшей обстановке: 4 апреля 1866 г. прозвучал выстрел Д. В. Каракозова, начался разгул реакции, усилились преследования демократической печати.
9 апреля Некрасов предпринял отчаянную попытку доказать «безвредность» журнала и свою собственную «благонамеренность»: он выступил в Английском клубе с чтением оды в честь «спасителя» царя – Комиссарова. В этот же день поэт, как выяснилось недавно, намеревался с той же целью читать на вечере у члена Главного управления по делам печати цензора В. Я. Фукса еще не опубликованную главу своей поэмы (вероятно, главу «Поп» – наиболее безопасную в цензурном отношении). По словам Б. М. Маркевича, сообщившего об этом 8 апреля М. Н. Каткову, Некрасов должен был читать «новую свою вещь „Кто ныне счастлив на Руси?“, вещь тем более замечательную, что она написана в
Печатание глав первой части Некрасов возобновил лишь через три года, и сразу подтвердились его давние опасения: даже глава «Поп» не прошла не замеченной цензурой.
В донесении цензора С.-Петербургского цензурного комитета Н. Е. Лебедева от 11 января 1869 г. говорилось: «В означенной поэме, подобно прочим своим произведениям, Некрасов остался верен своему направлению; в ней он старается представить мрачную и грустную сторону русского человека с его горем и материальными недостатками <…> В общем своем содержании и направлении означенная первая глава этой поэмы не заключает в себе ничего противного цензурным постановлениям, так как собственно сельское духовенство представляется униженным вследствие необразованности мужика, бедным вследствие окружающей его среды, которая сама ничего не имеет, так что в этой поэме выливается только гражданская скорбь на беспомощность сельского населения н его духовенства. Но тем не менее в ней встречаются три резкие по своему неприличию места, на которые цензор считает нужным обратить внимание комитета с тем – не сочтет ли он нужным заявить об них Главному управлению по делам печати…» (ГМ, 1918, № 4–6, с. 84–85). Недопустимыми цензор посчитал высказывание о «жеребячьей породе» (ст. 586–589), уже смягченные Некрасовым строки о презрительном отношении народа к духовенству (ст. 596–603) и упоминание об «иудейском племени» помещиков (ст. 686–689).