После несчастного приступа к Белеву Василий не мог иметь доверенности ни к усердию, ни к чести сыновей Юриевых, Шемяки и Димитрия Красного; однако ж (в 1440 году) возобновил дружественный союз с ними на прежних условиях: то есть оставил их мирно господствовать в отцевском Уделе и пользоваться частию Московских доходов. Меньший брат, Димитрий, скоро умер в Галиче, достопамятный единственно наружною красотою и странными обстоятельствами своей кончины. Он лишился слуха, вкуса и сна; хотел причаститься Святых Таин и долго не мог, ибо кровь непрестанно лила у него из носу. Ему заткнули ноздри, чтобы дать причастие. Димитрий успокоился, требовал пищи, вина; заснул – и казался мертвым. Бояре оплакали Князя, закрыли одеялом, выпили по нескольку стаканов крепкого меду и сами легли спать на лавках в той же горнице. Вдруг мнимый мертвец скинул с себя одеяло и, не открывая глаз, начал петь стихиры. Все оцепенели от ужаса. Разнесся слух о сем чуде: дворец наполнился любопытными. Целые три дня Князь пел и говорил о душеспасительных предметах, узнавал людей, но не слыхал ничего, наконец действительно умер с именем Святого: ибо – как сказывают Летописцы – тело его, чрез 23 дня открытое для погребения в Московском соборе Архангела Михаила, казалось живым, без всяких знаков тления и без синеты. – Шемяка наследовал Удел Красного и еще несколько времени жил мирно с великим Князем.
В сии два года (1439—1440 гг.) внутреннего спокойствия Москвитяне и вся Россия были тревожимы соблазном в важном деле церковном, о коем Летописцы говорят весьма обстоятельно и которое, минутно польстив властолюбию Рима, утвердило отцев наших в ненависти к Папам. Митрополит Фотий преставился в 1431 году, написав умилительную грамоту к Великому Князю и ко всему народу: он весьма красноречиво изображает в ней претерпенные им в святительстве печали; жалеет о днях своей мирной, уединенной юности; оплакивает разделение Митрополии, безвременную кончину Василия Димитриевича, бедствия и междоусобия Великого Княжения. Шесть лет по смерти Фотия Церковь наша сиротствовала без главы, от внутренних смятений Государства Московского. Сими обстоятельствами думал воспользоваться Митрополит Литовский, Герасим, и старался подчинить себе Епископов России, но без успеха: он посвятил в Смоленске только Новогородского Архиепископа, Евфимия; другие не хотели иметь с ним никакого дела. Наконец Василий созвал Святителей и велел им назначить Митрополита: все единодушно выбрали знаменитого Иону, Архиерея Рязанского. «Таким образом, – говорят Летописцы, – исполнилось достопамятное слово блаженного Фотия, который, посетив однажды Симоновскую Обитель и видя там юного Инока, мирно спящего, с удивлением смотрел на его кроткое, величественное лицо; долго расспрашивал об нем Архимандрита и сказал, что сей юноша будет первым Святителем в земле Русской: то был Иона». Но предсказание исполнилось уже после: ибо Константинопольский Патриарх, еще до прибытия Ионы в Царьград, посвятил нам в Митрополиты Грека Исидора, родом из Фессалоники, славнейшего богослова, равно искусного в языке Греческом и Латинском, хитрого, гибкого, красноречивого. Исидор незадолго до сего времени был в Италии и снискал любовь Папы: вероятно даже, что он по согласию с ним домогался власти над Российскою Церковию, дабы тем лучше способствовать важным намерениям Рима, о коих теперь говорить будем.