Исидор благополучно достиг Рима с печальным известием о нашем упрямстве и в награду за свой ревностный подвиг занял одно из первых мест в Думе Кардиналов, еще именуясь Российским, а великий Князь, с согласия всех Епископов, вторично избрав Иону в Митрополиты, (в 1443 году) отправил Боярина Полуехта в Константинополь с грамотою к Царю и Патриарху, в коей описывает всю историю нашего Христианства со времен Владимира и говорит далее: «По кончине блаженного Фотия земля Русская несколько лет оставалась без духовного Пастыря, волнуемая нашествием варваров и внутренним междоусобием: наконец мы послали к вам Епископа Рязанского, Иону, мужа от юных лет благочестивого и добродетельного, желая, да поставите его в Митрополиты; но вы или от замедления нашего, или следуя единственно прихоти самовластия, дали нам Исидора. Богу известно, что я долго колебался и мыслил отвергнуть его; но ласковая грамота Патриархова, моление Посла вашего и сладкоречивое смирение Исидорово тронули мое сердце… Когда же он, вопреки своей клятве, изменил православию: тогда мы созвали боголюбивых Святителей нашей земли, да изберут нового достойнейшего Митрополита, как и прежде, в чрезвычайных случаях, у нас бывало. Но хотим соблюсти обряд древний: требуем твоего Царского согласия и Патриаршего благословения, уверяя вас, что никогда произвольно не отлучимся от Церкви Греческой, доколе стоит Держава Русская. И так ожидаем, что вы исполните мое прошение и не замедлите уведомить нас о вашем здравии, да возвеселимся духом ныне и присно и во веки веков. Аминь». Сей Посол не доехал до Константинополя: ибо Василий приказал ему возвратиться, сведав тогда, как говорит Летописец, совершенное отступление Императора Греческого от истинной Веры. С того времени Иона первенствовал, кажется, в делах нашей Церкви, хотя еще и не был торжественно признан ее Главою; а Епископы южной России снова имели особенного Митрополита, посвященного в Риме, именем Григория Болгарина, ученика Исидорова, вместе с ним ушедшего из Москвы. Они держались Флорентийского соединения, которое в Литве и в Польше доставило им все выгоды и преимущества Духовенства Латинского, подтвержденные в 1443 году указом Владислава III. Преемник Владиславов, Казимир, даже уговаривал Великого Князя признать Киевского Иерарха главою и Московских Епископов, представляя, как вероятно, что духовное единоначалие утвердит благословенный союз между северною и южною Россиею; но Святители наши предали Григория анафеме. Московская Митрополия осталась независимою, а Киевская подвластною Риму, будучи составлена из Епархий Брянской, Смоленской, Перемышльской, Туровской, Луцкой, Владимирской, Полоцкой, Хельмской и Галицкой.
Такие следствия имел славный Собор Флорентийский. Еще несколько лет защитники и противники его писали, спорили, опровергали друг друга; наконец бедствие, постигшее Константинополь, пресекло и споры и долговременные усилия властолюбивого Рима для подчинения себе Византийской Церкви. Духовенство же Московское, отвергнув соблазн, тем более укрепилось в Догматах Православия.
Россияне имели нужду в мире церковном, чтобы великодушнее сносить несчастия Государственные, коими Небо скоро посетило наше отечество.
Уже осенью в 1441 году открылась новая вражда между Великим Князем и Димитрием Шемякою, который, сведав о приближении Московского войска к Угличу, бежал в Новогородскую область и, собрав несколько тысяч бродяг, вместе с Князем Александром Черторижским, выехавшим к нему из Литвы, внезапно подступил к Москве: хотя Игумен Троицкий, Зиновий, примирил их; но Шемяка, боясь Василия, дал знать Новогородцам, что желает навсегда к ним переселиться. Они гордо сказали: «Да будет, Князь, твоя воля! Если хочешь к нам, мы тебе рады; если не хочешь, как тебе угодно». Сей ответ или не полюбился ему, или тогдашние обстоятельства Новагорода отвратили его от намерения искать там убежища: Шемяка остался в своем Уделе.