Удаление Зосимы нисколько не ослабило значения еретиков в Москве; но им нужно было поднять его в Новгороде, где благодаря деятельности Геннадия ересь ослабела значительно, и вот по старанию Федора Курицына в новгородский Юрьев монастырь назначен был архимандритом монах Кассиан, державшийся ереси. В Кассиане новгородские еретики должны были найти и действительно нашли могущественную опору: в его кельях держали они свои тайные собрания. Геннадий, однако, нашел их и тут и заставил бежать в Литву и к немцам. Но в Москве могла ли ересь ослабеть, когда невестка великого князя Елена была на ее стороне, а на стороне Елены были самые могущественные вельможи, которые достигли наконец того, что Иоанн торжественно объявил сына Еленина, Димитрия, наследником стола великокняжеского. Мы видели, однако, что это торжество Елены и ее приверженцев было непродолжительно, что скоро София восторжествовала в свою очередь, казнь и пострижение были участью Ряполовских и Патрикеевых, удаление и, наконец, тесное заключение – участью Елены и ее сына. Мы не знаем, какое было значение Иосифа в этих переворотах; но, видя тесную связь волоколамского игумена и его учеников с великим князем Василием, сыном Софии, видя в то же время сильную ненависть Курбского к этим
Кроме важного дела о ереси жидовской церковные соборы Иоаннова времени занимались не менее важным делом улучшения нравственности духовенства. В 1468 году псковичи отлучили от службы вдовых священников и дьяконов по всей Псковской волости, не спросившись ни митрополита, ни епископов; архиепископ новгородский Иона хотел наложить на них за это неблагословение, но митрополит Феодосий запретил ему это делать. Феодосий знаменит в истории русской церкви как жертва святой ревности к улучшению нравов духовенства; он, говорит летописец, хотел священников и дьяконов силою навести на божий путь: начал их каждое воскресенье созывать и учить по святым правилам, вдовым дьяконам и священникам приказывал постригаться в монахи; у кого из них были наложницы, тех наказывал без милости, снимал с них священство, налагал пени; церквей наставили много, и вот всякий, кому не хотелось работать, шел в священники, не оставляя плотских страстей, потому что шел не богу служить, а тело свое льготить. Когда вследствие мер Феодосия недостойные священнослужители были удалены, то многие церкви остались без священников; люди начали тужить об этом и порицать митрополита. Это так огорчило Феодосия, что он заболел, и когда выздоровел, то уже не хотел более оставаться митрополитом, удалился в Чудов монастырь, взял к себе в келью расслабленного старца, стал служить ему, омывать струпы.