Но одною этою деятельностью не мог ограничиться Иосиф; и в княжение Василия он должен был вести сильную борьбу с своими врагами. Мы видели, что при Иоанне III, во время борьбы с ересью жидовствующих, Иосиф, провозглашая необходимость строгих мер против еретиков, навлек на себя ненависть многих и сильных людей. Вопрос об этих мерах продолжался и при Василии: противники их, в челе которых находился инок Вассиан Косой, т. е. князь Василий Патрикеев, начали опять настаивать, что кающихся еретиков должно выпустить из заточения; Иосиф твердо стоял при прежнем своем мнении и, выставляя примеры строгости к виновным из Ветхого и Нового заветов, писал великому князю: «Молим тебя, государь, чтоб ты своим царским судом искоренил тот злой плевел еретический вконец». Старцы Кириллова и всех вологодских монастырей написали колкое опровержение этому мнению, и церковные историки догадываются, что опровержение написано Вассианом. Великий князь принял мнение Иосифа; однако враги последнего не были низложены окончательно; Вассиан переехал в Москву, приблизился опять ко двору и действовал иногда с успехом против Иосифа.