26 марта 1479 года родился у Софии первый сын Василий-Гавриил; в 1490 году старший сын Иоаннов, молодой великий князь Иоанн, разболелся ломотою в ногах («камчюгом»); в это время был в Москве лекарь, мистр Леон, жид, вызванный русскими послами из Венеции; Леон объявил отцу больного: «Я вылечу сына твоего; а не вылечу, вели меня казнить смертною казнью». Великий князь велел лечить; Леон стал давать больному лекарство внутрь, а к телу прикладывать стклянки с горячею водою; но от этого лечения Иоанну стало хуже, и он умер 32-х лет. Старый великий князь велел схватить лекаря, и, как минуло покойнику сорок дней, Леона казнили смертью. Эти подробности важны для нас потому, что, как мы видели, люди, недовольные Иоанном III и Софиею, упрекали их в отраве Иоанна Молодого. Но последний оставил малолетнего сына Димитрия от брака своего на Елене, дочери Стефана, господаря молдавского, и потому теперь рождался вопрос, кому наследовать великое княжение – сыну или внуку. Если бы Иоанн III захотел обратить внимание на старый обычай, если бы справился с летописями, то нашел бы, что внук не мог получить великого княжения
Если князья и бояре и по смерти Софии дурно отзывались о ней, представляли ее виновницею перемены, перемены к худшему, по их мнению, то ясно, что они не могли быть расположены к ней при жизни ее и потому поддерживали Елену, вдову Иоанна Молодого, и сына ее Димитрия; на стороне же Софии и сына ее Василия мы видим только детей боярских и дьяков. Дьяк Федор Стромилов известил Василия, что отец хочет пожаловать великим княжением внука Димитрия, и вместе с Афанасьем Яропкиным, Поярком, Руновым братом, и другими детьми боярскими начал советовать молодому князю выехать из Москвы, захватить казну в Вологде и на Белоозере и погубить Димитрия; главные заговорщики набрали себе и других соумышленников, привели их тайно к крестному целованию. Но заговор был открыт в декабре 1497 года; Иоанн велел держать сына на его же дворе под стражею, а приверженцев его велел казнить; шестерых казнили на Москве-реке: Яропкину отсекли руки, ноги и голову, Пояркову – руки и голову; двум дьякам – Стромилову и Гусеву – да двум детям боярским – князю Палецкому-Хрулю и Щевью-Стравину – отсекли головы, многих других детей боярских пометали в тюрьмы. В то же время рассердился великий князь и на жену свою, великую княгиню Софию, за то, что к ней приходили ворожеи с зельем; этих лихих баб обыскали и утопили в Москве-реке ночью, после чего Иоанн стал остерегаться жены.