Ранние варианты повести до нас не дошли — их автор «уничтожал и рвал». Об их содержании и замыслах первой стадии работы имеются лишь некоторые отрывочные сведения. Из окончательного текста исчезли: 1) упоминание о театре; 2) история св. Варлаама, едущего летом на санях, как пример горячей веры (см. письмо Чехова от 20 марта 1891 г. и комментарий к нему); она была заменена эпизодом с дядькой дьякона, попом (гл. XIII варианта «Нового времени» или гл. XVI изд. А. Ф. Маркса); 3) упоминание разговоров Гёте с Эккерманом (см. письмо Суворину от 6 февраля 1891 г.); книга «Разговоры Гёте с его секретарем Эккерманом» вышла в изд. Суворина в январе 1891 г.; Чехов, очевидно, тогда же прочел ее; 4) возможно — уже в корректуре — некоторые «зоологические разговоры»: отослав рукопись Суворину, Чехов колебался, оставить их или выбросить из повести: «не станет ли она оттого живее?» (Суворину, 30 августа 1891 г.). Лаевский в рукописи носил фамилию Ладзиевский, потом Лагиевский (Суворину, 30 августа). С большой долей вероятности можно утверждать, что в части, написанной до отъезда за границу, отсутствовал фон Корен — во всяком случае, в известных по печатному тексту его чертах. Подобного персонажа нет в конспекте замысла, изложенном в 1888 году; беседы с Вагнером велись летом 1891 г. Когда писалось начало (зимой), Чехов с зоологом знаком не был.
Печатание большого рассказа в газете, где он неминуемо должен был появляться лишь небольшими порциями, с самого начала не устраивало Чехова. 18 августа он писал об этом Суворину; эту же мысль он повторил, уже отослав рассказ: «Напрасно Вы постеснились вернуть мне его обратно. Я бы послал его в „Сев<ерный> вестник“. Кстати, оттуда я уже получил два письма. Печатать в газете длинное, да еще черт знает что, весьма неприятно» (28 августа). «Не читайте ее в газете. Я пришлю книжку», — писал он П. И. Чайковскому 18 октября. Объяснение, почему Чехов все же согласился на этот неудобный для него способ публикации, находим в письме к брату от 24 октября: «Я <…> был должен „Нов<ому> времени“, и если бы не последнее обстоятельство, то повесть моя печаталась бы в толстом журнале, где она вошла бы целиком, где я больше бы получил».
Начало «Дуэли» появилось в «Новом времени» во вторник 22 октября 1891 г. с примечанием от редакции: «Повесть Чехова займет ряд фельетонов. Мы постараемся печатать ее непременно в назначенные дни, именно во вторник и среду каждой недели». Первые две недели расписание соблюдалось (был даже дан один лишний фельетон — в пятницу, 25 октября). Но предоставление Чехову двух фельетонов в неделю вызвало недовольство сотрудников «Нового времени», которые, по словам самого Суворина, вообще не любили, когда он «пропустит в газету что-нибудь талантливое не из редакции, — например, чеховскую „Дуэль“» (из дневника С. И. Смирновой-Сазоновой, 2 марта 1892 г. —
Одновременно с печатанием повести в газете готовилось отдельное издание, в текст которого Чехов вносил изменения в корректуре. Договоренность с Сувориным об отдельном издании существовала до начала печатания в газете: еще 16 октября Чехов просит присылать «корректуру „Дуэли“ для книжки». Были определены сроки — начало декабря (письмо П. И. Чайковскому от 18 октября). По каким-то причинам Чехов очень хотел издать книгу в срок или, по крайней мере, до Рождества — напоминания о времени, опасения, что «Дуэль» не поспеет, находим во многих письмах к Суворину за октябрь — декабрь 1891 г. 30 октября была исправлена и отдана корректура первого листа (письмо Суворину от этого числа), в середине ноября (возможно, во время визита Суворина в Москву) — средние листы; с 11 по 13 декабря Чехов работал над концом, 13 декабря конец был отослан (письма Суворину 11 и 13 декабря).