По словам летописца, пришли изо всех городов в Москву именитые люди и молили со слезами царевича Феодора, чтоб был на Московском государстве царем и венчался царским венцом. Это известие очень любопытно: зачем явились именитые люди из городов в Москву? Был ли обычай прежде, что именитые люди из городов являлись в Москву поздравлять нового государя и теперь они, устрашенные смутами, умоляют Феодора поскорее принять царский венец? Или положение дел было так смутно и опасно, или действительно рождался вопрос, кому быть царем-возрастному, но неспособному Феодору или младенцу Димитрию – и было так много людей на стороне последнего, что Дума сочла за нужное вызвать именитых людей из городов? Англичанин Горсей, бывший в это время в Москве, говорит о соборе, бывшем 4 мая, на котором присутствовали митрополит, архиепископы, епископы, игумены и все дворянство.
В 1584 году 31 мая Феодор венчался на царство по прежним обычаям; митрополит Дионисий говорил поучение, увещевал царя иметь веру ко святым церквам и честным монастырям, ему, митрополиту, и всем своим богомольцам повиноваться, ибо честь, воздающаяся святителю, к самому Христу восходит; братью свою по плоти любить и почитать; бояр и вельмож жаловать и беречь, по их отечеству, и ко всем князьям и княжатам, к детям боярским и ко всему воинству быть приступну, милостиву и приветну; всех православных христиан блюсти, жаловать и попечение о них иметь от всего сердца, за обидимых стоять царски и мужески, не давать обижать не по суду и не по правде; языка льстивого и слуха суетного не принимать, оболгателя не слушать и злым людям веры не давать; быть любомудру или мудрым последовать, потому что на них, как на престоле, бог почивает: раздавать саны безвозмездно, ибо купивший власть мздоимцем бывает, и проч.
В 1586 году в апреле умер боярин Никита Романович, и на его место, по словам летописей, стал правителем брат царицы, Борис Годунов, хотя, как видно и прежде, при жизни Никиты Романовича, особенно пользуясь болезнию последнего, Борис не упускал случаев все более и более усиливать свое влияние на царя посредством сестры; Ирина же, как говорят современные свидетельства, была способна сама иметь влияние и проводить влияние брата. Но понятно, что утверждение на месте правителя не могло обойтись для Годунова без борьбы с людьми, которые считали за собою большие права на занятие этого места. Была вражда между боярами, говорят летописцы; разделились они на две стороны: на одной – Борис Годунов с дядьями и братьями, с некоторыми князьями, боярами, дьяками, духовными и многими служилыми людьми; на другой стороне – князь Иван Федорович Мстиславский, а с ним Шуйские, Воротынские, Головины, Колычевы и другие служилые люди, и чернь московская. Говорят, что сначала Годунов привлек на свою сторону князя Мстиславского, так что тот назвал его себе сыном, но потом Шуйские, Воротынские, Голицыны, другие бояре, служилые люди и чернь московская стали уговаривать Мстиславского, чтоб он, соединясь с ними, извел Бориса. Мстиславский долго отказывался, но потом согласился: положили убить Годунова «на пиру в доме Мстиславского. Известие вероятное: мы знаем, как действовали Шуйские в малолетство Иоанна, а потом в грозное царствование от насильственных, кровавых поступков некогда было отвыкнуть; родовой характер, т. е. родовая бесхарактерность Мстиславских, изображена также верно: сперва князь Иван отказывается, а потом соглашается на убийство названного сына. Как бы то ни было, свидетельства согласны, что на этот раз борьба с Годуновым велась во имя первенствующего боярина, князя Мстиславского, и Годунов, соединясь с дьяками Щелкаловыми, назвавши их себе отцами, осилил противников: князь Иван Мстиславский был схвачен и пострижен в Кириллове монастыре; Воротынских, Головиных и многих других схватили и разослали по городам, некоторых заключили в темницы; один из Головиных, Михайла, услыхав об опале родичей, ушел из своей медынской отчины в Литву к Баторию».