Одобрив Судебник, Иоанн назначил быть в Москве Собору слуг Бoжuux, и в 1551 году, 23 Февраля, дворец Кремлевский наполнился знаменитейшими мужами Русского Царства, духовными и мирскими. Митрополит, девять Святителей, все Архимандриты, Игумены, Бояре, сановники первостепенные сидели в молчании, устремив взор на Царя-юношу, который с силою ума и красноречия говорил им о возвышении и падении Царств от мудрости или буйства властей, от благих или злых обычаев народных; описал все претерпенное вдовствующею Россисю во дни его сиротства и юности, сперва невинной, а после развратной; упомянул о слезной кончине дядей своих, о беспорядках Вельмож, коих худые примеры испортили в нем сердце; но повторил, что все минувшее предано им забвению. Тут Иоанн изобразил бедствие Москвы, обращенной в пепел, и мятеж народа. «Тогда, – сказал он, – ужаснулась душа моя и кости во мне затрепетали; дух мой смирился, сердце умилилось. Теперь ненавижу зло и люблю добродетель. От вас требую ревностного наставления, Пастыри Христиан, учители Царей и Вельмож, достойные Святители Церкви! Не щадите меня в преступлениях; смело упрекайте мою слабость; гремите словом Божиим, да жива будет душа моя!» Далее, изъяснив свое благодетельное намерение устроить счастие России всеми данными ему от Бога способами и доказав необходимость исправления законов для внутреннего порядка, Царь предложил Святителям Судебник на рассмотрение, и грамоты уставные, по коим во всех городах и волостях надлежало избрать Старост и Целовальников, или присяжных, чтобы они судили дела вместе с Наместниками или с их Тиунами, как дотоле было в одном Новегороде и Пскове; а Сотские и Пятидесятники, также избираемые общею доверенностию, долженствовали заниматься земскою исправою, дабы чиновники Царские не могли действовать самовластно и народ не был безгласным. – Собор утвердил все новые, мудрые постановления Иоанновы.
Но сим не кончилось его действие: Государь, устроив Державу, предложил Святителям устроить Церковь: исправить не только обряды ее, книги, искажаемые Писцами-невеждами, но и самые нравы Духовенства в пример мирянам; учением образовать достойных служителей олтаря; уставить правила благочиния, которое должно быть соблюдаемо в храмах Божних; искоренить соблазн в монастырях, очистить Христианство Российское от всех остатков древнего язычества, и проч. Сам Иоанн именно означил все более или менее важные предметы для внимания отцов Собора, который назвали Стоглавным по числу законных статей, им изданных. Одним из полезнейших действий оного было заведение училищ в Москве и в других городах, чтобы Иереи и Диаконы, известные умом и добрыми свойствами, наставляли там детей в грамоте и страхе Божием: учреждение тем нужнейшее, что многие Священники в России едва умели тогда разбирать буквы, вытверживая наизусть службу церковную. Желая укоренить в сердцах истинную Веру, отцы Собора взяли меры для обуздания суеверия и пустосвятства: запретили тщеславным строить без всякой нужды новые церкви, а бродягам-тунеядцам келии в лесах и в пустынях; запретили также, исполняя волю Государя, Епископам и монастырям покупать отчины без ведома и согласия Царского: ибо государь благоразумно предвидел, что они могли бы сею куплею присвоить себе наконец большую часть недвижимых имений в России, ко вреду общества и собственной их нравственности. Одним словом, сей достопамятный Собор, по важности его предмета, знаменитее всех иных, бывших в Киеве, Владимире и Москве.