Кроме сих любимцев, Иоанн удивительным образом честил тогда некоторых Ливонских пленников. В июне 1565 года, обвиняя Дерптских граждан в тайных сношениях с бывшим Магистром, он вывел оттуда всех Немцев и сослал в Владимир, Углич, Кострому, Нижний Новгород с женами и детьми; но дал им пристойное содержание и Христианского наставника Дерптского Пастора Веттермана, который мог свободно ездить из города в город, чтобы утешать их в печальной ссылке: Царь отменно уважал сего добродетельного мужа и велел ему разобрать свою библиотеку, в коей Веттерман нашел множество редких книг, привезенных некогда из Рима, вероятно Царевною Софиею. Немцы Эберфельд, Кальб, Таубе, Крузе вступили к нам в службу, и хитрою лестию умели вкрасться в доверенность к Иоанну. Уверяют даже, что Эберфельд склонял его к принятию Аугсбургского исповедания, доказывая ему, словесно и письменно, чистоту онаго! По крайней мере Царь дозволил Лютеранам иметь церковь в Москве и взыскал важную денежную пеню с Митрополита за какую-то обиду, сделанную им одному из сих иноверцев; хвалил их обычаи, славился своим Германским происхождением, хотел женить сына на Княжне Немецкой, а дочь выдать за Немецкого Князя, дабы утвердить дружественную связь с Империею. В искренних беседах он жаловался чужестранным любимцам на Бояр, на Духовенство, и не таил мысли искоренить первых, чтобы Царствовать свободнее, безопаснее с Дворянством новым, или с опричниною, ему преданною: ибо она видела в нем своего отца и благодетеля, а Бояре жалели о временах Адашевских, когда им была свобода, а Царю неволя (так говорил Иоанн)! Естественно не любя России, страшной для соседственных держав, и желая только угождать Царю, иноземцы без сомнения не думали выводить его из мрачного заблуждения и гневить смелым языком истины; могли даже с тайным удовольствием видеть сию бурю, которая сокрушала главные столпы великой Монархии: ибо Царь губил лучших Воевод своих, лучших советников государственных. Иноземцы молчали, или, вопреки совести, хвалили тирана. Знаменитые Россияне, лишаемые свободного доступа к Государю, ознаменованные как бы презрительным именем
(1566 г.) Изъявляя усердие ко благу Церкви, Иоанн хотел дать ей Пастыря отличного Христианскими достоинствами. Выбор пал сперва на Архиепископа Казанского Германа, который долго уклонялся от сана опасного в таких обстоятельствах России и при таком Царе, но должен был, исполняя решительную волю его, согласиться. Уже все Епископы съехалися в Москву; уже написали грамоту избирательную, и Герман несколько дней жил в палатах Митрополитских, готовясь к посвящению. В сие время, беседуя с Иоанном наедине, он хотел испытать его сердце: начал говорить с ним, как должно Первосвятителю, о грехах и Христианском покаянии, тихо, скромно, однако ж с некоторою силою; упомянул о смерти, о Страшном Суде, о вечной муке злых. Иоанн задумался; вышел от него с лицом мрачным, пересказал любимцам своим речи Архиепископа и спрашивал, что они думают? Алексей Басманов ответствовал: «Думаем, Государь, что Герман желает быть вторым Сильвестром: ужасает твое воображение и лицемерит в надежде овладеть тобою; но спаси нас и себя от такого Архипастыря!» Германа изгнали из палат, и Царь искал другого Первосвятителя.