Это отделение стало неиссякаемым источником средств для фашистской Германии. Представляя в 1942 году объемистый доклад комитету обороны Трумэна, молодой и проницательный помощник министра юстиции Норман Литл утверждал: «Когда нацистское правительство в 1938 году потребовало от концерна „И. Г. Фарбен“ срочно представить ему крупную сумму денег, тот заимствовал ее у „Стерлинг продактс инк.“ и его филиалов».
Перевозка товаров морем из Германии в Южную Америку продолжалась вплоть до начала войны в сентябре 1939 года. Установленная англичанами блокада создала для «И. Г. Фарбен» те же проблемы, что и для Дэвиса и «Стандард ойл». Поэтому Герман Шмиц был вынужден доверить «Стерлинг» сбыт продукции в Южной Америке. Поставки медикаментов продолжались без помех, и товары все чаще и чаще поступали из Нью-Йорка.
11 сентября 1939 года, через 10 дней после начала войны в Европе Уэйс взял под свой контроль немецкие предприятия в Латинской Америке, чтобы предотвратить их конфискацию в случае вступления США в войну. Кроме того, он обеспечил договоренность о накоплении продукции для германских заказчиков, которой бы хватило по крайней мере на пять лет. Располагая основным капиталом в 2 млн. долларов и на 30 млн. долларов акций фармацевтических предприятий Южной Америки, Уэйс и Макклинток старались сохранить свое сотрудничество с нацистами. В феврале 1940 года Макклинток вылетел в Рим для переговоров с Рудольфом Манном из «И. Г. Фарбен». Он еще раз подтвердил намерение «Стерлинг» продолжать сотрудничество во время войны.
31 мая 1941 года «И. Г. Фарбен» приступил к передаче дел. Он продал тресту «Стерлинг» 75 процентов акций своего отделения в Аргентине, а вырученные деньги передал для финансирования деятельности одной лаборатории в Буэнос-Айресе, работавшей на фашистов. Об этой сделке узнали в министерстве юстиции США. Министерство дало указание, чтобы эти деньги были оформлены в графе "разные доходы компании «Байер» на основании того, что сделка с «И. Г. Фарбен» была незаконной и не подлежала широкой огласке.
Под давлением Генри Моргентау Уэйс 15 августа 1941 года, отделавшись минимальным штрафом, подписал «решение по соглашению», по которому «Стерлинг» и «Байер» обязались прекратить сотрудничество на период войны. С этого момента деятельность «Байер» стала осуществляться под прикрытием «Стерлинг». Уэйс дал обещание не продавать продукцию «Байер» в Южной Америке под немецкими названиями, но прошло чуть больше трех недель после подписания обязательства, и он нарушил свое слово. 10 сентября СФИ, дочернее предприятие «Стерлинг» в Рио-де-Жанейро, сообщило в Нью-Йорк, что продает аспирин под прежним немецким названием.
По настоянию Моргентау, который постоянно досаждал совету директоров, Уэйс 3 декабря 1941 года оставил пост главы компании и вернулся в свой родной город Уилинг в Западной Вирджинии. Тем не менее он не отошел полностью от дел «Стерлинг» и предпринял две поездки в Олбани, чтобы присутствовать на заседаниях совета директоров и попробовать восстановиться в должности. Но об этом не могло быть и речи: компания и так уже достаточно себя скомпрометировала. Уэйсу пришлось вернуться в Уилинг, однако он отказался забрать личные вещи из своего бывшего кабинета, надеясь, что рано или поздно вернется к руководству. В феврале 1942 года он просил своего преемника Джеймса Хилла оставить в кабинете все на прежних местах. Хилл объяснил ему, что министерство юстиции будет против его восстановления и предупредил: Моргентау может обойтись с ним так же сурово, как и с некоторыми членами совета директоров «Дженерал анилайн энд филм». В интересах компании Уэйс должен все вывезти. Однако доводы Хилла Уэйс пропустил мимо ушей и в марте отбыл на отдых в Аризону, так ничего и не тронув. Тогда выведенный из терпения Хилл накричал на секретаршу Уйэса, отказывавшуюся прикасаться к вещам своего бывшего патрона, и отдал указание в 24 часа очистить кабинет, а секретарше убраться восвояси, что и было исполнено.
Когда Уэйс вернулся, происшедшее настолько его потрясло, что у него помутился разум. Словно приведение, он бесцельно бродил по улицам или ездил на автомобиле по окрестностям Уилинга. В марте 1943 года Уэйс погиб в автомобильной катастрофе.
Новое руководство «Стерлинг», за исключением Джеймса Хилла, не вызывало особого доверия.
Макклинток, хладнокровно пожертвовавший своим партнером, продолжал занимать пост в компании.
31 декабря 1941 года, спустя примерно 3 недели после отставки Уэйса, военная разведка перехватила телеграмму с пометкой «сверхсекретно», отправленную из правления «Стерлинг» в Мексику и Венесуэлу. В ней указывалось: «Осуществляя поставки, следует соблюдать еще более строгие меры предосторожности. Было бы желательно подбирать различных адресатов, причем людей малопримечательных. Мы бы доставляли им товары по 40-50 коробок, предварительно обернув их в немаркированную бумагу. Мы имеем возможность получать груз в портах Западного побережья — это хорошая гарантия сохранить путь следования товаров в тайне от разведслужбы США».