Гайдуков попросил составить список «шарашников». Тут перед ним встала задача, как с этим вопросом обратиться к Сталину, обойдя Берию. Предполагалось, что если тот узнает, не отпустит. Гайдуков все-таки проник к вождю с докладом. Список тот очень пригодился: была наложена резолюция «освободить и направить». Среди «освобожденных и направленных» числились и Королев, и Глушко. Более сложной оказалась проблема, разворачивать ли это дело у нас и кому поручить. Котировались М. В. Хруничев (авиационная промышленность), Б. Л. Ванников (производство боеприпасов) и Устинов (промышленность вооружения). В МАПе провели совещание. Было предложено заняться этим делом Туполеву. Его это предложение не вдохновило: ракеты — это фантазии, а он занимается серьезным делом, — и отказался. Хруничев его поддержал. Ванников не мог взяться за ракетное дело, поскольку надвигались работы по развертыванию атомного проекта (атомная бомба — это же боеприпасы!). Устинов же, наоборот, выразил готовность заняться ракетами (это же вооружение!). Была создана государственная комиссия во главе с маршалом Яковлевым по этой проблеме. Заместителем его был назначен Устинов. Это уже в какой-то степени определяло, кто же на самом деле займется ракетами.
В Германии, на базе ракетного ремонтного завода, изготовили (в основном из запчастей) десять «Фау-2» и вместе с комплектами запасных частей, деталей, агрегатов отправили в Москву. В этих работах участвовали и Королев, и другие наши специалисты вместе с немецкими инженерами.
В это время в подмосковном городке Подлипки на базе артиллерийского завода Устинов создал научно-исследовательский институт, который должен был заниматься большими и малыми ракетами, ракетными двигателями, их разработкой и испытаниями. Третий отдел этого института должен был заниматься разработкой ракет дальнего действия. Во главе его был поставлен (в должности главного конструктора) Королев. Этот Третий отдел и положил начало знаменитому КБ Королева.
Работы начали переводить из Германии в Подмосковье. Перевозились изготовленные ракеты, заводское оборудование, конструкторская, производственная и эксплуатационная документация. Рассказывают, что руководство подняло вопрос о привлечении к работам немецких инженеров. Почти все они отказались. Тогда «органами» была проведена «ночная операция». Поселок, где жили немецкие специалисты, был окружен частями НКВД. К немецким инженерам явились группы военных, возглавляемые симпатичными женщинами, офицерами-переводчицами (не хватает нашим современным «органам» изобретательности, бессовестности и гибкости в Чечне!), немцам было предложено немедленно собраться и погрузиться в поезд. Возникла паника — «отправляют в Сибирь!». Офицерши успокаивали: «Вы будете жить в Москве». Жена доктора Гретрупа отказалась ехать без коровы («у нас маленькие дети»). Пожалуйста возьмем и вашу корову! «Без лошади тоже не поеду» (любила ездить верхом). «Лошадь найдем на месте — не проблема!» По-видимому, с коровами в то время было так же плохо, как и сейчас.
Поселили их сначала в Подлипках, а затем перевезли в городок Осташков, на озере Селигер, где они писали отчеты о своей работе. В новых исследованиях не участвовали. Зачем их вывезли? Только в конце пятидесятых (а может, в шестидесятых), при Хрущеве, несчастных отпустили на родину.
А в Подлипках Королев создал свое КБ, которое постепенно стало походить на удельное княжество. Поначалу управленцы, испытатели, производство ему не подчинялись. Они были равноправными отделами и независимым заводом внутри нового ракетного института.
В 1947 году на военном полигоне за Волгой были проведены летные испытания ракет, изготовленных еще в Германии. А уже в 1948 начались летные испытания ракеты Р1, копии «Фау-2». Но документация была уже наша, и изготовлены они были уже на нашем заводе. Далее последовала Р2 с форсированным двигателем, несущим баком горючего и вдвое большей дальностью: уже около шестисот километров. А потом была сделана Р5 уже с обоими несущими баками и с дальностью полета около 1200 километров.