Посадку войск осуществить в Торговом порту с 02:20 до 03:00. Точность перехода десантно-высадочных средств к месту высадки обеспечить выставлением на пути движения специальных катеров-маяков с огнями, освещающими определенные секторы. В целях скрытности перехода и внезапности высадки десанта, моторным катерам буксировать шлюпки с десантом только до местонахождения катера-маяка Р-16, после чего войскам следовать к берегу на шлюпках под веслами. Для введения противника в заблуждение относительно пункта высадки одновременно с высадкой войск десанта у будки рыбаков специально выделенным двум катерам МО, двум катерам КМ и двум катерам ЗИС маневрированием и стрельбой по берегу, а также постановкой дымовой завесы имитировать высадку ложного десанта в районе Стрельны. Огневое обеспечение высадки войск десанта и действий его на берегу осуществлять катерам МО и эскадренному миноносцу «Сметливый». После высадки войск катерам и шлюпкам отойти от берега и до 05:00 3 октября находиться в районе катера-маяка Р-24 в готовности по сигналу с берега снять высаженные войска.
Согласно боевому распоряжению командира Ленинградской ВМБ от 2 октября 1941 г., общее командование операцией возлагалось на капитан-лейтенанта Шавцова и военкома старшего политрука Киселева. Командиром отряда высадки назначили капитан-лейтенанта Крылова, военкомом старшего политрука Федорова.
Здесь надо сделать маленькое теоретическое отступление. Дело в том, что Советский Союз на то время располагал наиболее разработанной в мире теорией морских десантных действий. Она не только была подробно описана еще в середине 30-х годов в работах адмирала И.С. Исакова, изучалась в стенах Военно-морской академии, но и нашла отражение в основных руководящих документах. Относительно руководства в морских десантных операциях там определено следующее. Общее командование осуществляет командующий войсками, в интересах которого высаживаются войска — в нашем случае это был командующий 42-й армией.
Далее многое зависит от масштаба десантных действий. В общем случае назначается заместитель командующего армейской операцией по морской части. Одновременно он может де-факто являться командующим силами в морской десантной операции. Основная корабельная группировка флота называется силы высадки. Она предназначена для доставки войск морского десанта в район высадки и обеспечения собственно высадки с захватом плацдарма. В состав сил высадки могут входить десантные отряды, отряды кораблей огневого поражения (поддержки), тральные группы и так далее.
С момента посадки на корабли войск десанта и до захвата плацдарма высадки командир войск десанта также подчиняется командиру сил высадки, а после построения войск в боевой порядок на берегу и начала решения ими главной (дальнейшей) задачи командир войск десанта переходит в непосредственное подчинение командующего войсками в армейской операции.
Таким образом, общее командование всей операцией осуществлял командующий 42-й армией. Поскольку решение на высадку войск десанта принимал командир Ленинградской ВМБ, то он и является командующим силами в морской десантной операции. Командир сил высадки — капитан-лейтенанта Шавцов, а командир десантного отряда — капитан-лейтенант Крылов.
На самом деле получилось так, что единого командующего войсками в операции вообще не оказалось. Армейское командование ограничилось постановкой задач, а морское — высадкой десанта на берег. Дальше десант был предоставлен сам себе.
При подготовке операции штаб Ленинградской ВМБ разработал несколько документов. Первый, без названия, похож на боевое распоряжение капитан-лейтенанту Шавцову. Оно очень короткое, но интересно его начало: