В военное время предусматривалось развертывание госпиталя на 50 коек. В 1967 г. была сформирована 14-я дивизия подводных лодок, и в подземных сооружениях объекта К-825 оборудовали ее «защищенный командный пункт». Причем командный пункте узлом специальной связи, блокировавшимся дополнительной системой герметичных дверей.
Канал длиной 506 м проходит насквозь через гору. Ширина канала от 6 до 12 м, глубина 6—8 м. Рядом с каналом размешалась производственная потерна длиной 300 м.
Самый большой диаметр штольни достигал 22 м. Со стороны бухты вход в штольню перекрывался многотонным плавучим батопортом, изготовленным по специальном проекту на 54-м механическом строительном заводе Черноморского флота. Батопорт поддували воздухом, и он всплывал. Это позволяло полностью закупоривать подземный объект. Точно такой же батопорт, но меньшего размера, установили в подземном сухом доке. Подводная лодка вводилась в док в надводном положении, батопорт закрывался, воду откачивали, и можно было приступать к ремонту лодки.
Выход из подземного комплекса в открытое море также перегораживался батопортом, который отводился в сторону, выпуская подводные лодки. Вход в подземный комплекс со стороны Балаклавской бухты был настолько искусно замаскирован, что найти его было невозможно даже с близкого расстояния.
Таким образом, комплекс был полностью изолирован от внешней среды. Его защита позволяла выдержать прямое попадание атомной бомбы мощностью до 100 килотонн.
Канал и док имели дугообразную форму, что облегчало обслуживание стоящих в них подводных лодок. В одной стороне канала работали специалисты, обеспечивавшие загрузку торпед, а в противоположной находился цех, где торпеды готовили к использованию, в частности заряжали кислородом. Затем по рельсам на тележках торпеды доставлялись в любую часть штольни для загрузки на подводные лодки.
Кроме загрузки боезапаса подводные лодки могли подзарядить свои аккумуляторные батареи, для чего стояли мощные генераторы. Осуществлялся подвод воды и солярки. Таким образом, подводная лодка, придя с боевой службы, могла пройти все необходимые виды техобслуживания и ремонта, а затем выйти в полном снаряжении из подземного комплекса.
Обслуживали комплекс не один десяток человек. Около 100 человек — промышленно-производственный персонал, 38 доковых рабочих и 42 человека входили в состав группы технических систем, которые обслуживали инженерные системы подземного объекта.
47 человек подразделения ВОХР несли постоянную службу на трех постах: на входе и выходе из тоннеля и возле дока.
Последним руководителем спецкомплекса был капитан 3 ранга А.В. Туниикий, который до самого конца, до распада Советского Союза, командовал этим уникальным сооружением.
Общая подземная площадь всех помещений комплекса составляла 11 тыс. кв. м, объем превышал десятки тысяч кубометров, длина канала была больше ширины Балаклавской бухты, высота отдельных помещений достигала высоты трехэтажного дома.
Южнее, рядом с подземным каналом, был построен спецсклад — хранилище для ядерных боеприпасов, а в северной части — защищенное хранилище для топлива.
Склад для топлива был построен в виде подземных вертикальных емкостей и позволял хранить до 4 тыс. т нефтепродуктов. Под защитой многометровой толщи скального фунта из хранилища по узкоколейной железной дороге подвозили и загружали у подземного причала продовольствие, запасные части, торпеды, артиллерийские снаряды и другие необходимые грузы. Здесь же размещалась мастерская по профилактическому осмотру и ремонту узлов и деталей подводных лодок.
Западный выход из канала закрывался специальным сооружением, состоящим из сборных железобетонных плит шириной 2 м, длиной 10 м и высотой 7 м.
Более 20 лет на подземном судоремонтном заводе ремонтировались подводные лодки. В среднем подводная лодка находилась в доке до месяца.