Но больше всего проблем возникло со снабжением ВВС и ПВО Юго-Западного фронта снарядами и патронами. 24 июня 1941 г. заместитель начальника 3-го отдела КОВО сообщал: «Зенитные части обороны не имеют снарядов, в результате авиация противника ежедневно бомбит Луцк, Станислав. 40 000 снарядов находится на складе Нежин, около Киева. Командование приняло решение перебросить их вагонами, это займёт 3 дня. Снаряды необходимо перебросить немедленно с самолётами, повторяю, немедленно самолётами» [22]. Оказалось, что 5-я бригада ПВО в Тарнополе, 186-й, 139-й, 563-й и 259-й отдельные зенитные артдивизионы Юго-Западного фронта, вооруженные «37-мм и 85-мм пушками, не имеют к ним выстрелов» и «необходима срочная отправка артвыстрелов на головные склады из центральных складов ГАУ» [23]. Даже 2 июля 1941 г. было «не налажено снабжение авиачастей КОВО вооружением и боеприпасами. Патронов БС в частях нет. 36-ю авиадивизию сильно лимитируют снаряды PC. В дивизию доставлены снаряды, система подвесков которых не подходит, переделать нельзя, а нужных нет. Артуправление КОВО обещает дать 300 шт. из Винницы, но оно не уверено в том, что снаряды будут пригодны» [24].
Кроме того, оказалось, что слабо отработано взаимодействие родов авиации и авиачастей разного подчинения. Результатом стали боевые столкновения между советскими самолетами. Так, 26 июня «начальник 3-го отдела Одесской военно-морской базы тов. Морозов сообщил, что 25 июня в 9 час. 25 мин. звено самолетов «СБ» 70-й авиаэскадрильи под командой командира эскадрильи майора Краснодарского, получив разрешение ПВО гор. Могилева о вылете, поднялось в воздух со своего аэродрома на выполнение боевого задания.
После первого разворота звено было обстреляно батальоном зенитной артиллерии, а затем атаковано истребителями ВВС ОдВО. В результате обстрела и атаки самолёты 1 и 2, пилотируемые лётчиками Крамцовым и Земцовым, имея пробоины, сели на своём аэродроме.
Самолёт № 4, пилотируемый командиром звена Ануфриевым, загорелся в воздухе. При посадке взорвались бомбы. Экипаж погиб.
В 9 час. 42 мин. при возвращении из разведки 2 самолётов «СБ-Р2» 82-й эскадрильи были атакованы истребителями ВВС ОдВО. Один из самолетов истребители заставили сесть в море» [25].
Схожая ситуация имела место и на Западном фронте. Как отмечалось в спецсообщении 3-го Управления НКО № 35753 от 27 июня, «из-за плохой организации связи тыла с передовыми линиями фронта, бомбардировочная авиация при возвращении с выполнения боевых заданий по бомбежке объектов противника, продолжает подвергаться нападению наших истребителей.
26 июня самолёты 96-го авиаполка Западного фронта, вылетевшие на боевое задание по уничтожению мотомеханизированных колонн и танков противника на минском направлении, в районе Меркулевичи были атакованы звеном наших истребителей «И-16», в результате чего самолет лейтенанта Донского был сбит, а ответным огнем бомбардировщиков сбит один самолет «И-16».
Этого же числа были атакованы нашими истребителями бомбардировочные самолеты 98-го авиаполка 52-й авиадивизии, возвращающиеся с бомбежки наземных войск противника. При атаке сбит самолёт лейтенанта Гришина, в районе Могилева подбит и посажен самолёт заместитель] командира 52-й авиадивизии майора Картакова.
Атаки своих истребителей вызывают панику среди летного состава бомбардировочной авиации» [26].
К сожалению, не был исключением и Юго-Западный фронт. Согласно спецсообщению 3-го Управления НКО № 36253 от 2 июля, «в частях 36-й авиадивизии Юго-Западного фронта продолжаются случаи обстрела своих самолётов, приводящие к потере материальной части и гибели летного состава.
26 июня за время с 15.00 до 17.00 были атакованы своими истребителями несколько групп самолетов «ДБ-Зф». В результате атак один самолет сбит и 6 самолетов посажены на разные аэродромы в районе Киева.
Неумением различить свои самолёты от самолётов противника и допущением указанных безобразных случаев особенно отличается 2-й авиаполк 36-й авиадивизии.
Младший лётчик — лейтенант Зайцев атаковал самолёт «СБ» 52-го СБАП. Летнаб легко ранен, самолёт требует ремонта.
Командир эскадрильи этого же полка Солдатов со своими летчиками дважды обстреливал свои самолеты «СУ-2» и «Дуглас». Солдатов, прилетев на аэродром, доложил, что ясно видел кресты и свастику.
Лётчик этого полка Барднер сбил самолёт «ДБ-Зф». Самолёт сгорел. Экипаж случайно остался жив.
Лётчики 2-го авиаполка атаковали самолёты «ДБ-Зф», которые уже выпустили шасси. В результате один стрелок-радист убит, а на втором самолете стрелок-радист ранен.
26 июня в 10 часов самолётом «И-16» был атакован самолёт «ДБ-Зф» 22-й авиадивизии, возвращавшийся после выполнения боевого задания. В результате лётчик самолета «ДБ-Зф» легко ранен в руку, радист тяжело ранен, самолёт сгорел.