Уже с 1923 года Мельгунов возобновляет историческую работу изданием сборников «На чужой стороне», а затем — упомянутым выше продолжением «Голоса минувшего». Занимая активную антисоветскую позицию, в 1926 году он становится инициатором, одним из соредакторов и главных авторов еженедельника «Борьба за Россию», открыв его передовицей:
Это было уже не первым обращением Мельгунова к трагическим страницам Гражданской войны. Ещё в 1924 году вышла в свет его книга «Красный террор в России», о которой позднее скажут, что она стоила автору
Истории гражданской войны посвящён и переиздаваемый ныне труд «Трагедия адмирала Колчака», вышедший четырьмя отдельными выпусками в Белграде в 1930–1931 гг. Стремясь к наиболее полному восстановлению фактической картины происходившего, историк привлекает не только большое количество уже опубликованных документов и мемуарных свидетельств, но и, используя уникальные возможности современника, в ряде случаев специально интервьюирует участников событий, получая таким образом в своё распоряжение материалы исключительного интереса. Труд Мельгунова до сих пор остаётся наиболее полным и всесторонним исследованием драматичных событий 1918—1920-х годов на Востоке России.
Вторая Мировая война привела Мельгунова к довольно пессимистическим оценкам. Он не был и не мог быть сторонником сотрудничества с Германией, но и в успехах большевиков видел предвестие «рецидива возрождения коммунизма» и «советизации Европы» со всеми вытекающими из этого последствиями. Борьба против коммунизма была продолжена им после войны в чрезвычайно трудных условиях (достаточно сказать, что за «незаконное издание журнала» Мельгунову пришлось даже «сесть на скамью подсудимых», причём инициатором травли стало — что неудивительно — советское посольство в Париже). Больше возможностей появилось после начала «холодной войны», хотя позиция историка и его единомышленников — в первую очередь, неприятие сепаратизма и отстаивание единства будущей России — далеко не всегда соответствовала политике западных держав. С 1948 года Мельгунов — организатор и председатель «Союза борьбы за свободу России», а в 1950–1954 годах — редактор «литературно-политических тетрадей» «Возрождение», где появляется и ряд его собственных публикаций. 26 мая 1956 года Сергей Петрович Мельгунов скончался от рака.