В воспоминаниях Масарика говорится:
«Учтя все слабые стороны в армии чехов, их политическое положение, трения между солдатами и офицерами, а также усталость от войны солдат, агитаторы и шпионы повели широкую разрушительную работу теми же самыми старыми методами, какими пользовались они у нас в армии в 1917–1918 гг. Подойдя ближе к психологии усталого солдата, они выдвинули те же излюбленные лозунги: «Война не нужна чехам», «Скорее на родину, там свои непорядки», «Долой офицеров — союзнических наймитов» или «Чехословаки — игрушка в руках союзников, которые сами не воюют, а шлют на бой только чехов» и т.д. в этом духе» [Партиз. движение. С. 156–157].
Русская контрразведка считала, что происходящее в чешских войсках «есть как будто повторение пройденного урока в русской армии в период революции, а особенно в октябре 1917 г.». По мнению чешского полукоммунистически настроенного автора, Кратохвиля, разложение армии свидетельствовало лишь о том, что под гнилым, слепым механизмом вставал живой человек. Но характерно то, что по прошествии десяти лет Пршикрыл в полемике с Медеком — и притом в журнале «Pritomnost» — становится на сторону «бунта».
Из агитации, как всегда, рождались активные действия. 8–11 июня — самый критический момент. В Иркутск стали съезжаться делегаты нелегального съезда. На ст. Иннокентьевская арестуются офицеры, захватываются паровозы для отправки вооружённых солдат в Иркутск охранять делегатов. В самом Иркутске прибывшие делегаты, арестованные сохранившей дисциплину частью, освобождаются «революционным батальоном», причём производится обыск в редакции «Чеходневника». Грозит вооружённое столкновение «братьев» между собой. Но всё же вооружённая демократия не поднялась против официальной власти. И конфликт, благодаря энергичным мерам ген. Сырового и авторитету командующего союзными войсками ген. Жанена, окончился благополучно. Делегаты «съезда революции» подписали заявление, что признают законную силу всех приказов Правительства, и Сыровой счёл «все внутренние недоразумения ликвидированными» [телеграммы штаба Ирк. округа. — Партиз. движение. С. 154–159]. Делегаты «для раздумья» были направлены на Русский остров во Владивостоке.
Этим конфликтом кризис, конечно, не был окончательно изжит. «Бунт» был подавлен, но чехословацкое командование не было уже хозяином положения.
Когда происходил «конфликт» в чеховойсках Иркутска, Верховным правителем был отдан приказ не вмешиваться в чешские дела. Но положение было серьёзно. Русская контрразведка указывала, что агитаторы из повстанческого штаба Кравченко «имеют связь с теми чешскими частями, которые стоят на Красноярском фронте». Следовательно, перед русским командованием стояла реальная угроза возможности соглашения «революционных» солдат чехоармии с повстанческими отрядами. Можно было ожидать, что иностранные штыки, охранявшие магистраль и не всегда выдержанно соблюдавшие «нейтралитет», неожиданно окажутся на стороне противников Омского правительства, каковыми могли быть не только большевики, но и конспирирующие эсеры. У Колчака не было предубеждённости против чехословаков, как это пытаются представить многие из чешских мемуаристов. По словам Будберга, у Колчака было, скорее, благожелательное к ним отношение. Он называл «чехоедом» Будберга, который являлся решительным противником поручения чеховойскам охраны Сибирской магистрали. Колчак понимал психологическое состояние армии, которая не хотела больше воевать в России. По его мнению, это было естественно. Но вопрос шёл уже о том, чтобы не мешать русским противобольшевицким силам. Отсюда вытекало стремление по возможности содействовать скорейшей эвакуации чехословаков из России и влиять в этом отношении на союзников.