Выяснилось также, что Яков Джугашвили еще в Берлине отказался от какого-либо сотрудничества с немецкими властями и потому попал в лагерь смерти Заксенхаузен. Но и в лагере Джугашвили вел себя гордо и независимо. Свою фамилию он не называл, держался замкнуто и особняком, с администрацией лагеря не общался и относился к немцам даже с некоторым презрением, лишь иногда просил газеты, чтобы узнать о положении на фронте.
Из показаний Кайндля стало известно и об обстоятельствах гибели Якова Джугашвили. «Лагерь „А“ состоял из трех бараков, – излагал Кайндль, – огороженных каменной стеной, и, кроме того, на расстоянии двух метров от стены были поставлены три забора из колючей проволоки. Через один из них был пропущен ток высокого напряжения. В конце 1943 года арестованные барака № 2 были на прогулке около барака. В семь часов вечера эсесовец Юнглинг приказал зайти в барак. Все пошли. Яков Джугашвили не пошел и потребовал коменданта лагеря. Юнглинг повторил свое приказание, Джугашвили отказался его выполнить. Тогда Юнглинг сказал, что пойдет звонить мне».
Когда Юнглинг разговаривал по телефону с Кайндлем, снаружи раздались выстрелы, и эсесовец, спешно повесив трубку, отправился выяснять, в чем дело. Как позже выяснилось, пока Юнглинг разговаривал по телефону с начальством, Джугашвили, словно в задумчивости, минуя нейтральную тропу, подошел к проволоке. Часовой немедленно скомандовал «Стой» и выставил винтовку на пленного. Но Джугашвили продолжал идти, тогда часовой повторил угрозу: «Стой! Стрелять буду!». В этот момент Яков Джугашвили резко обернулся, схватился руками за гимнастерку, разорвал ворот и, выставив обнаженную грудь, прокричал часовому в ответ: «Стреляй!». Это было проявлением явного неповиновения, поэтому часовой тут же выстрелил в Джугашвили. Часовой метился в голову, пленный мгновенно скончался и, падая, зацепил первые два ряда колючей проволоки. Таким образом, Джугашвили был убит, но…
Из показаний Кайндля: «В таком положении убитый Джугашвили по моему указанию лежал 24 часа, пока не поступило распоряжение Гиммлера снять труп и отвезти на исследование в лагерный крематорий. Затем в крематорий приехали два офицера из Имперской безопасности, которые составили акт о том, что Джугашвили убит ударом электрического тока высокого напряжения, а выстрел в голову последовал после. Что часовой действовал правильно, согласно инструкции». Из заключения профессоров следует, что Джугашвили все-таки вначале бросился на проволоку под напряжением, и лишь затем последовал выстрел часового.
По установленной в концлагерях традиции тело Якова Джугашвили было кремировано. Правда, его пепел затем был помещен в урну, поскольку это было необходимо для дальнейшего расследования. Урну с прахом вместе с материалами расследования гибели Джугашвили отправили в Главное управление Имперской безопасности. Дело заключенного Якова Джугашвили, по словам Кайндля, хранилось у него в сейфе вплоть до самых последних дней войны. Когда Германия капитулировала, он отдал приказ своему адъютанту сжечь все бумаги, в том числе и дело Джугашвили.
Трагической кончине Джугашвили предшествовало еще одно любопытное обстоятельство, о котором погибший мог лишь догадываться. Дело в том, что эсесовцы хотели обменять Джугашвили на фельдмаршала Паулюса, захваченного в плен советскими войсками. Сталин, получив предложение об обмене, ответил кратко: «Я солдат на маршалов не меняю!». Эта фраза стала всемирно известной, но сам Сталин тяжело переживал смерть сына. После печального известия у него случился спазм сосудов головного мозга, и, по предположению врачей, было даже небольшое кровоизлияние. Но в той ситуации Сталин никак не мог обменять Якова: все попавшие в плен русские солдаты были, по его мнению, изменниками Родины. И хотя он понимал, что сын не может быть предателем (тем более были известны обстоятельства его героического поведения в плену), Сталин не мог, не имел права делать исключения даже ради собственного сына.
Конечно, Яков Джугашвили со всей ясностью осознавал свое положение, потому на первых порах молчал и пытался скрыть свою фамилию и родство с генсеком. Когда же все выяснилось и Сталин отверг предложение эсесовцев обменять сына на немецкого маршала, у Якова практически не оставалось никаких надежд на спасение. Тем более его пленение бросало тень на репутацию Сталина, чего никак нельзя было допускать в момент отчаянного положения русских на фронте. С именем Сталина солдаты бросались на врага и погибали. Его имя должно было оставаться незапятнанным, только так можно было сплотить русский народ для решающей битвы против фашистской Германии.