Под влиянием хлыстов находилась секта иоаннитов, которая образовалась из почитателей кронштадтского протоиерея Иоанна Сергиева, который сам Церкви не покидал. Сектанты считали Иоанна Кронштадтского воплощением Христа. У них были «богоматерь», пророки, «архангел Михаил» и т.д.; воплощением антихриста считался граф Лев Толстой. Иоанниты проповедовали умерщвление плоти и воздержание от мяса, отрицание брака, богослужения у них совершали апостолы. Миссионеры Церкви были убеждены, что тайно эта секта проводила радения в духе хлыстовщины.
От хлыстовщины откололась серафимовщина, которую основал в 70-х годах XIX века иеромонах Никандровского монастыря Псковской губернии Серафим. Он проповедовал близкий конец света, аскетизм и молитву, а себя называл перевоплощенным Илией. Сектанты собирались по ночам, молились и причащались, но также посещали, кроме этого, и церковные богослужения. После высылки Серафима в Соловецкий монастырь секта быстро выродилась, оказавшись под руководством бывшей монахини Елены Петровой – Еленушки, которая выдавала себя за «невесту Христову», ей воздавалось поклонение.
Еще более экзальтированные формы имела иннокентиевщина, типично экстатическая секта, основанная иеромонахом Иннокентием в монастыре Балты (Подольской губернии), где находилась могила священника Феодосия Левицкого, умершего в 1845 году. Последний пользовался славой мистика и, вероятно, был близок к хлыстовщине. Его могилу в 1909-1910 годах посещало множество крестьян из Бессарабии. Паломничество стало массовым, когда Иннокентий объявил священника Левицкого святым. Сам он с большим размахом проводил на могиле святого «изгнания бесов» и назначал одержимым епитимии – пост и сбор денежных средств для своего монастыря. Когда Иннокентия сослали на покаяние в монастырь в Каменец-Подольский, туда стало съезжаться множество его почитателей, даже ссылка Игнатия в монастырь Олонецкой епархии на Крайний Север не остановила паломничества к нему. Он начал называть себя воплощением Святого Духа и критиковал священноначалие и императора. Через посыльных он длительное время поддерживал связь с молдавскими крестьянами при явном попущении настоятеля монастыря, которому паломничество сектантов приносило немалый доход. С 1914 года это движение пошло на убыль.
Дальнейшим ответвлением хлыстовщины была секта братцев, или трезвенников, или чуриковцев (по имени основателя секты Чурикова), получившая широкое распространение после 1905 года. В центре ее учения было «духовное просветление», которое давалось тому или иному проповеднику на их собраниях. Эти собрания, на которые приходили в особенных одеждах, совершались наряду с обычным посещением церкви. Проповедовать мог каждый, на кого нисходил дух. Учение о перевоплощении было этой секте чуждо; отрицание брака, запрет мясоедения и воздержание от алкоголя присутствовали, как и в других сектах. Приверженцы ее происходили из мелкой буржуазии и из рабочих
Экстатически-мистическая хлыстовщина со временем выродилась в скопчество, секту самооскопляющихся. Скопчество появилось во второй половине XVIII века, однако лишь в 70-80-х годах XIX века на основании материала судебных процессов появилась возможность исследовать учение и обычаи этой секты. Знаток скопчества, священник А. Рождественский, считал доказанным существование тесной связи между хлыстовщиной и скопчеством. Появление и распространение скопчества обусловливались развитием среди нашего народа хлыстовщины. Хлыстовщина сделалась как бы переходною ступенью к скопчеству. И прежде, и теперь хлысты участвуют в религиозных собраниях скопцов, и наоборот, на своих радениях хлысты поют и скопческие песни… Радение в общих чертах у хлыстов и скопцов сходны: на них распеваются теми и другими песни, говорятся пророчества, совершаются прыгания и скачки. Различие в этом случае состоит только в том, что у хлыстов радения заканчиваются иногда свальным грехом. Скопчество явилось реакцией на эту форму экстаза. Оно искало новое решение половой проблемы, столь беспокоившей почти все секты.