Все это показывает, что теоретически трапезундский архиерей занимал на соборе весьма высокое положение. Однако он не стал видным деятелем ни одной из боровшихся там партий. После начала переговоров в Ферраре, когда дискуссии зашли в тупик, среди греческих епископов и у самого патриарха было намерение возвратиться в Константинополь, тем более, что распространялись слухи о предстоявшем весной походе войск султана на столицу. С целью склонить императора на свою сторону патриарх избрал ряд важнейших митрополитов во главе с трапезундским. Но Дорофей упорно отказывался принять участие в переговорах с императором, ссылаясь на подагру. После настоятельных просьб он уступил. Эта встреча вызвала гнев императора на «первенствующих архиереев» (κατά των πρώτων άρχιερέ ων)[814]
. Затем трапезундский митрополит был участником секретных переговоров греческой и латинской комиссий, обсуждавших догмат об исхождении св. духа. Переговоры не дали положительных результатов[815], и 2 июня 1439 г. Иоанн VIII запросил мнения всех членов делегации о путях преодоления разногласий для скорейшего заключения унии. Дорофей трапезундский вновь сказался больным и не согласился на письменное голосование, несмотря на многочисленные просьбы императора и патриарха[816]. Однако в конце концов под их давлением Дорофей присоединился к мнению греческого большинства принять латинский символ веры[817], участвовал в диспуте четырех греческих архиереев с папой по различным вопросам вероучения[818], а также в составе почетного греческого посольства из 10 архиереев присутствовал при подписании акта папой[819]. Но трапезундский митрополит был категорически против предания анафеме отвергнувших унию, заявив: «Достаточно того, что свершилось дело, на которое, как я полагаю, не следовало бы нам соглашаться и в мыслях»[820]. Под большим нажимом со стороны императора он принял участие в совместной с латинянами панихиде по патриарху Иосифу II, состоявшейся в Венеции[821]. Впрочем, если мы имеем свидетельства явных и тайных подкупов греческих архиереев, зафиксированные в счетах папской Апостольской палаты, то прямых данных, изобличающих лично Дорофея, нигде не обнаружено. Все поведение трапезундского митрополита на соборе говорило о его нежелании принимать католические догматы при заключении унии. Его позиция ярко проявилась по возвращении греков в Константинополь, когда встал вопрос об избрании нового патриарха. Наиболее вероятным кандидатом после отказа архиепископа Ираклии стал Дорофей. Иоанн VIII обещал ему избрание, если тот заявит об одобрении заключенного союза церквей. С целью склонить Дорофея к этому Иоанн VIII отправил к нему великого протосинкелла и Георгия Дисипата. На их предложение трапезундский митрополит ответил: «Это соединение, достигнутое ныне, не представляется мне благим делом. Поэтому я не могу его стерпеть (στέργβιν)». Он сказал также, что вряд ли принял бы патриаршество, даже если бы византийская церковь находилась в мире, а при ее разделении для него это вовсе невозможно, хотя бы он и одобрил унию[822]. Такой ответ обеспечил избрание митрополиту Кизика Митрофану. Сиропул даже подозревал, что при церемонии избрания была применена подтасовка[823]. Митрополиты Трапезунда и Ираклии не явились на торжественную нотификацию и инвеституру патриарха[824]. Если первоначально трапезундский митрополит занимал уклончивую позицию по вопросу о заключении унии, позже он перешел к ее открытому порицанию — эволюция, характерная для значительной части греков, участников собора.