Во время церемонии инаугурации 23 января 2005 года новоизбранный президент бросил ставшую крылатой фразу: «У моего правительства чистые руки, и воровать оно не будет». Ему поверили, хотя и не все, потому что Ющенко не всегда выполнял свои обещания. Указанием на это было назначение на высокие государственные должности по принципу кумовства или близкого родства. Кум Петр Порошенко был назначен главой Совета национальной безопасности и обороны (СНБО). Кум Олег Рыбачук — вице-премьером по вопросам евроинтеграции. Кум Юрий Павленко — министром по делам семьи, молодежи и спорта. В Харькове родной племянник Виктора Ющенко (сын его старшего брата Петра), Ярослав Ющенко, несмотря на молодой возраст и отсутствие какого-либо опыта управленческой работы, стал заместителем губернатора. Еще один кум, Александр Черевко, был назначен главой Черкасской областной государственной администрации. Известная украинская певица Оксана Билозир, которая была близка к семье Ющенко и крестила одну из дочерей Порошенко, получила пост министра культуры. Не на пользу Ющенко пошел и скандал с его сыном Андреем, разъезжавшим по столице на шикарном лимузине с мобильным телефоном за несколько тысяч долларов.
Первым камнем преткновения для Ющенко стала конституционная реформа, в соответствии с которой президентско-парламентская система власти должна была стать парламентско-президентской. Предыдущему президенту, Леониду Кучме, удалось подготовить эту реформу для принятия новой властью, однако последняя не спешила ее реализовывать, оправдываясь тем, что избранный президент Ющенко получил достаточно широкий вотум доверия со стороны народа и не обязан передавать часть своих полномочий Раде. Тем не менее перед парламентскими выборами 2006 года Ющенко все-таки пришлось пойти на реализацию этой реформы и согласиться ограничить свои полномочия, которые ему пришлось делить с Кабинетом Министров и премьер-министром. В итоге это привело к постоянному перетягиванию каната из стороны в сторону, к перманентному конфликту с Кабинетом Министров, к отставкам правительства. Страдало прежде всего дело. Население ждало реальных изменений, а не извечных перестановок в правительстве. Между тем глобальных преобразований в экономике и политике не происходило. Более того, разразившийся скандал между премьер-министром Тимошенко и главой СНБО Порошенко привели не только к отставке правительства Тимошенко, но и к разочарованию широких народных масс в идеалах Оранжевой революции и ее лидерах.
Борясь за сокращение чиновничьего аппарата, Ющенко одновременно увеличил численность своего Секретариата до 600 человек. Расходы из госбюджета на содержание Секретариата Ющенко составили 1,5 млрд гривен, в то время как расходы на содержание Верховной Рады составляли «всего лишь» 1 млрд, а на содержание правительства — 500 миллионов гривен. Все решения, принимаемые в государстве, контролировались и окончательно утверждались Секретариатом, а человек, его возглавлявший, стал вторым по влиянию человеком в государстве.
Умышленно или нет, Ющенко полностью скопировал систему, созданную в 2000 году в России. После прихода Путина к власти руководитель его администрации Александр Волошин опубликовал (за подписью Путина) указ, согласно которому руководитель Администрации президента (АП) России становился вторым человеком в государстве, поскольку абсолютно все бумаги, все назначения, награждения и повышения в стране должны были отныне производиться по согласованию с руководителем администрации президента. И поскольку руководитель АП назначался самим президентом, отвечал только перед ним и снят мог быть только им, получалось, что этот абсолютно назначенный, а не избранный народом человек, был вторым человеком в стране, никому, кроме президента, неподотчетным.