Тем временем внешнеполитическое положение России резко ухудшилось. Армия Сигизмунда III после 20-месячной осады захватила Смоленск. Полтора месяца спустя бывшие союзники шведы захватили Новгород. Воеводы и митрополит Новгорода объявили о создании Новгородского государства и подписали со шведами договор об избрании царем сына Карла IX.
Земское освободительное движение стояло на пороге распада и крушения. Однако с призывом о спасении царства от иноверцев обратился к народу патриарх Гермоген. По приказу бояр и польских командиров патриарх был взят под стражу. Через несколько месяцев он умер в тюрьме. Но его призыв ободрил население. В Нижнем Новгороде купец Кузьма Минин и воевода князь Дмитрий Пожарский огранизовали Второе земское ополчение. В упорных многодневных боях под Москвой два ополчения, объединившие свои силы, разгромили польскую армию гетмана Яна Ходкевича, а в октябре 1612 г. освободили Кремль.
Одержав победу в гражданской войне, земское ополчение получило возможность распорядиться троном. Но избрание царя не имело законной силы без участия высшего органа монархии Боярской думы. Между тем боярское правительство и дума, сидевшие вместе с польским гарнизоном в Кремле; были связаны присягой царю Владиславу. Главными претендентами на корону выступили фамилии, связанные с Тушинским лагерем: Трубецкие и Романовы. Д. Трубецкой получил в Тушине боярский чин и возглавил «воровскую думу». Филарет Романов был тушинским патриархом. Как самый знатный из руководителей земского освободительного движения, Трубецкой готовился занять трон. Но соперничество между вождями ополчения расстроило его планы.
Чтобы положить конец кровавой гражданской войне, нужен был человек, которого приняли бы оба враждующих стана, а главное, признал своим государем народ. Им стал Михаил Романов. Он унаследовал от отца и деда популярное в стране имя. Отец Михаила Филарет томился в польском плену. В народе его почитали как мученика за православную веру. Михаил разделил все тяготы, выпавшие на долю семьи. Детство он провел в изгнании и ссылке. Юность он встретил в осажденном Кремле. Но это нисколько не скомпрометировало Михаила ввиду его несовершеннолетия. Решающее значение для народа имело то обстоятельство, что Михаил в качестве племянника царя Федора представлял законную династию, счастливо правившую Россией триста лет.
В Москве был созван Земский собор, включавший представителей дворянства, городов и некоторых крестьянских волостей. Собор отверг предложение об избрании на трон Михаила, после чего сторонники Романова вышли к народу на Красную площадь. Стремясь помешать избранию Михаила, члены собора пригласили в Москву главных бояр, ранее высланных в провинцию. Бояре, включая дядю претендента, решительно воспротивились избранию Михаила. Тогда чернь и казаки ворвались в Кремль и осадили дворы Трубецкого и Пожарского, требуя немедленного избрания царя. 21 февраля 1613 г. Земский собор объявил царем Михаила Романова. Призрачная популярность угасшей династии вынесла наверх ничем не примечательного человека, спутав расчеты и прогнозы земского руководства. Избрание новой династии приостановило развал государства и создало предпосылки для преодоления состояния анархии и смуты в стране.
В течение нескольких лет царь Михаил пытался изгнать поляков и шведов с захваченных ими русских земель, но его полки терпели поражение. Тогда, используя посредничество англичан, Москва начала мирные переговоры со Швецией. В 1617 г. в деревне Столбово на границе был подписан договор о «вечном мире» между Россией и Швецией. Шведы вернули России Новгород, но удержали все течение реки Невы и Карелию.
Осенью 1618 г. царь Владислав подступил к Москве и пытался штурмовать город, намереваясь силой вернуть себе царство. Штурм не удался, и в конце 1618 г. Россия и Речь Посполитая заключили соглашение о четырнадцатилетнем перемирии. Россия лишилась Смоленска, Чернигова и тридцати других городов. Новая граница проходила на ближних подступах к Москве. Король Сигизмунд III посеял семена новой войны.
В конце XVI в. культурная жизнь России оживилась. Учреждение патриаршества послужило стимулом для развития книгопечатания на Руси. В 1589–1610 гг. Андроник Невежа, а затем его сын Иван издали 10 книг. Невзирая на бедствия Смутного времени, печатание книг в России с начала XVII в. практически стало непрерывным, чего не было в предыдущем столетии.