Как следует из текста «Чина поставления и венчания Дмитрия Ивановича», Иван III произнес следующую речь: «…Ныне благословляю при себе и опосле себя великим княжеством Владимерским и Московским и Новгородцким и Тверским» внука Дмитрия, которого мне «дал Бог в сына моего место». Решение отнять титул великого князя Новгородского у коронованного великого князя Дмитрия и передать его удельному князю было незаконным со всех точек зрения. Руководство Боярской думы, по-видимому, пыталось отстоять законность, и тогда монарх прибегнул к насилию. Думу возглавлял двоюродный брат государя князь И. Ю. Патрикеев. Он провел в думе почти 40 лет, из которых 27 лет служил наместником московским (этот пост он унаследовал от отца). К Патрикееву в хоромы переселился Иван III, когда началась починка старого великокняжеского дворца. К кругу высших руководителей думы принадлежал зять Патрикеева князь С. И. Ряполовский, за особые заслуги получивший титул «слуги и боярина».
31 января 1499 г. самодержец велел арестовать И. Ю. Патрикеева, двух его сыновей Василия и Ивана и зятя Ряполовского и предать их всех смертной казни. Благодаря «молениям» митрополита Патрикеевы избежали смерти. Их постригли «в железах» (в кандалах) и разослали по монастырям в заточение. Слуга Ряполовский был обезглавлен палачом на льду Москва-реки на пятый день после ареста.
Решение о разделе государства между соправителями вызвало сопротивление не только в московских верхах, но и в народе. В начале 1499 г. Иван III прислал послов к посадникам псковским и всему Пскову с объявлением, что «де я князь великий Иван сына своего пожаловал великого князя Василия, дал емоу Новгород и Псков». Посадники и вече отказались подчиниться государю. Они спешно направили полномочное боярское посольство в Москву к Ивану III и внуку его Дмитрию, которому недавно принесли присягу на верность. Послы четко заявили, что не признают власть удельного князя, а будут подчиняться князю, который сидит на московском троне: «а которой бы был великий князь на Москве, той бы и нам государь». Этот принцип в глазах псковичей гарантировал сохранение независимости Пскова. Главное требование псковичей состояло в том, чтобы Иван III с внуком «держали отчиноу свою (Псков. — Р.С.) а в старине». Переговоры в Москве были длительными и трудными. Посадники ссылались на присягу и «старину». Иван III приказал бросить двух посадников в тюремную башню. При этом он заявил: «Чи не волен яз в своем вноуке и оу своих детех? Ино кому хочю, тому дам княжество». По приказу государя в Псков выехал новгородский архиепископ Геннадий, чтобы отслужить в Троицком соборе службу «за князя великого Василья». Псковичи не проявили никакого уважения к своему пастырю и не дали ему служить в соборе, сказав, что не имеют «тому веры, что быти князю Василью великим князем новгородцким и псковским». Лишь после того как Иван III прислал в Псков своего личного представителя боярина И. Чоботова и обязался держать «отчину» свою «в старине», псковское вече смирилось. В сентябре арестованные посадники были отпущены из Москвы.
Казни в Москве и раздел государства явились симптомом кризиса старого боярства, наметившегося к концу XV века. Конфисковав все боярские владения в Новгороде, московские власти не сразу решили, как ими распорядиться. Следуя традиции, Боярская дума стала распределять эти земли среди знати. По приказу Ивана III в пределах Новгорода было образовано удельное княжество для Федора Бельского, отъехавшего из Литвы в 1482 г. Столицей удела стал городок Демон, считавшийся «вотчиной» Вольского. Кроме того, он получил волость Мореву и много других волостей, по-видимому, в кормление.
Очень крупные владения достались боярину князю И. Ю. Патрикееву и его сыну Василию (более 500 обеж), трем братьям Захарьиным (около 800 обеж), влиятельным членам думы Ряполовскому, А. Челяднину, дворецкому Русалке-Морозову, новым правителям Новгорода наместнику князю С. Ярославскому, новгородскому дворецкому М. Волынскому и другим. (Обжа — надел зажиточного крестьянина, пахавшего землю на одной лошади).
Знать получила источник новых крупных доходов. Если бы она удержала новгородские пожалования в своих руках, результатом было бы неслыханное усиление ее могущества. Но этого не произошло. Историки давно обратили внимание на странный парадокс. К концу XV века пожалованные новгородские земли были отобраны не только у опальных бояр, но и у прочей московской знати, включая таких фаворитов, как бояре Челяднины или Захарьины. Факты позволяют объяснить отмеченный парадокс. После перехода Новгорода под власть удельного князя Василия бояре и прочие знатные люди, присягнувшие на верность Дмитрию-внуку и продолжавшие служить ему в Москве, должны были покинуть владения великого князя Новгородского.