Достоверно известно, что собор был созван в столице для решения неотложных церковных дел. Сохранились два соборных приговора. Первый из них, датированный 6 августа 1503 г., свидетельствует о том, что великие князья Иван III и Василий, «поговоря с митрополитом» и священным собором, решили отменить церковные пошлины по случаю поставления иерархов и священников на должность. В сентябре того же года оба государя утвердили другой приговор священного собора, запрещавший вдовым попам служить в церкви и грозивший лишить чина тех из них, кто держал наложниц.
Согласно традиционной точке зрения, после решения вопроса о вдовых попах собор приступил к обсуждению проектов секуляризации монастырских вотчин. В пользу проекта выступил Нил Сорский, речь которого стала своего рода манифестом нестяжательства. Парадокс заключается в том, что ни в летописном отчете о соборе, ни в соборных приговорах нет и намека на секуляризацию. Все данные о секуляризационных проектах и выступлении Нила заключены в поздних публицистических сочинениях. Объясняя указанный парадокс, ряд исследователей стали рассматривать известия о выступлении нестяжателей в 1503 г. как целиком недостоверные. Эти известия будто бы сконструированы публицистами середины XVI века.
Слабость гипотезы о подложности соборных материалов заключается в том, что она совершенно не объясняет мотивы подлога и мистификации, в которой участвовал не один, а многие книжники и богословы, трудившиеся в разное время и принадлежавшие к разным направлениям церковной мысли. Любая из сторон поспешила бы изобличить другую, если бы та допустила грубую фальсификацию. Если собор 1503 г. обсуждал проект секуляризации церковных земель, то почему нет ранних свидетельств об этом? Попытаемся объяснить данный парадокс, оставаясь на почве строго доказанных фактов.
В 1499 г. Иван III отстранил от власти главных руководителей Боярской думы и передал Новгород в удел сыну Василию. Сразу вслед за тем в Новгороде была проведена секуляризация церковных земель. Псковский летописец весьма точно уловил последовательность и взаимосвязь происшедших событий: «В лето 7007-го (1499. — Р.С.) пожаловал князь великий сына своего, нарек государем Новугороду и Пскову… Генваря поймал князь великой в Новегороде вотчины церковные и роздал детем боярским в поместье, монастырские и церковные, по благословению Симона митрополита». Современные московские летописцы ни словом не обмолвились о крупнейшей секуляризации, проведенной в 1499 г. у них на глазах. Это наблюдение объясняет, почему московские источники умалчивают о проектах секуляризации на соборе 1503 г. Обсуждение планов секуляризации в 1503 г. ни к чему не привело, не было никакого соборного решения по этому вопросу. Попытка распространить новгородский опыт на владения московской церкви вызвала острейший конфликт. Государю не удалось навязать собору свою волю, а потому официальные московские источники избегали говорить о его неудаче. Церковники же, возмущенные преступным посягательством властей на их имущества, заинтересованы были в том, чтобы навсегда предать инцидент забвению. Лишь после смерти Ивана III и его фактического соправителя Василия III запретная ранее тема стала широко обсуждаться публицистами. Их сочинения появились при жизни поколения, знавшего Нила или черпавшего сведения из уст его учеников. Книжникам не приходилось «конструировать» события прошлого и прибегать к мистификации.