Распри с духовными властями, обладавшими большим авторитетом, поставили царя в трудное положение, и он должен был пойти на уступки в выборе нового кандидата в митрополиты. В Москву был спешно вызван игумен Соловецкого монастыря Филипп (в миру Федор Степанович Колычев). Филипп происходил из очень знатного старомосковского рода и обладал прочными связями в боярской среде. Его выдвинула, по-видимому, та группировка, которую возглавлял конюший И. П. Челяднин и которая пользовалась в то время наибольшим влиянием в земщине. Соловецкий игумен состоял в отдаленном родстве с конюшим. Как бы то ни было, с момента избрания в митрополиты Филипп полностью связал свою судьбу с судьбой боярина Челяднина. Колычев изъявил согласие занять митрополичий престол, но при этом категорически потребовал распустить опричнину. Поведение соловецкого игумена привело Грозного в ярость. Царь мог бы поступить с Филиппом так же, как и с архиепископом Германом. Но он не сделал этого, понимая, что духовенство до крайности раздражено изгнанием Полева. На исход дела повлияло, возможно, и то обстоятельство, что в опричной думе заседал двоюродный брат Колычева. 20 июля 1566 г. Филипп вынужден был публично отречься от своих требований и обязался «не вступаться» в опричнину и в царский «домовой обиход» и не оставлять митрополию из-за опричнины. Множество признаков указывало на то, что выступление Полева и Колычева не было единичным явлением и что за спиной церковной оппозиции стояли более могущественные политические силы. По крайней мере два источника различного происхождения содержат одинаковые сведения о том, что в разгар опричнины земские служилые люди обратились к царю с требованием об отмене опричного режима. Согласно московской летописи, царь навлек на себя проклятие «земли» «и биша ему челом и даша ему челобитную за руками о опришнине, что не достоит сему быти». По словам переводчика царского лейб-медика Альберта Шлихтинга, земцы выразили протест против произвола опричных телохранителей, причинявших земщине нестерпимые обиды. Дворяне потребовали немедленного упразднения опричных порядков. Выступление служилых людей носило внушительный характер. В нем участвовало более 300 знатных лиц земщины, в том числе некоторые бояре-придворные. Протест против насилий опричнины исходил от членов созванного в Москве Земского собора.
По свидетельству А. Шлихтинга, царь отклонил ходатайство земских дворян и использовал чрезвычайные полномочия, предоставленные ему указом об опричнине, чтобы покарать земщину. 300 челобитчиков попали в тюрьму. Правительство, однако, не могло держать в заключении цвет столичного дворянства, и уже на шестой день почти все узники получили свободу. 50 человек, признанных зачинщиками, подверглись торговой казни: их поколотили палками на рыночной площади. Нескольким урезали языки, а трех дворян обезглавили. Все трое казненных — князь В. Пронский, И. Карамышев и К. Бундов — незадолго до гибели участвовали в работе Земского собора.
Антиправительственное выступление дворян в Москве произвело столь внушительное впечатление, что царские дипломаты вынуждены были выступить со специальными разъяснениями за рубежом. По поводу казни членов Земского собора они заявили следующее: про тех лихих людей «государь сыскал, что они мыслили над государем и над государскою землею лихо, и государь, сыскав по их вине, потому и казнити их велел». Такова была официальная версия: требования земских служилых людей об отмене опричнины власти квалифицировали как покушение на безопасность царя и его «земли».