Новгородское дело вызвало страх и замешательство среди вождей опричнины, сохранивших способность сообразовывать свои действия со здравым смыслом. Афанасий Вяземский тайно предупредил новгородского архиепископа Пимена о грозившей ему опасности. Открыто возражать против планов царя Вяземский не решился. Только поэтому он и смог сопровождать Грозного в новгородском походе. Но в опричном правительстве были люди, значительно более независимые в своих суждениях и поступках, чье влияние основывалось на подлинных заслугах. К их числу принадлежал выдающийся воевода боярин А. Д. Басманов, не участвовавший в карательном походе. Когда царь дознался, что Вяземский поддерживал тайные сношения с Пименом, он окончательно убедился, что измена проникла в его ближайшее опричное окружение. Воображение рисовало Грозному картину грандиозного заговора, объединившего против него всех руководителей земщины и опричнины.
Падение старого опричного руководства, несомненно, было следствием интриг со стороны руководства сыскного ведомства опричнины — Малюты Скуратова-Бельского и Василия Грязнова. Эти люди были типичными представителями низшего дворянства, выдвинувшегося в годы опричнины. В отличие от Басмановых и Вяземского они не играли никакой роли при учреждении опричнины. Лишь разоблачение новгородской «измены» позволило им получить низшие думные чины, а затем устранить старых и наиболее авторитетных вождей опричнины и захватить руководство опричным правительством.
Те, кто затеял опричный террор, сами стали его жертвами. Боярин А. Д. Басманов был умерщвлен собственным сыном, послушно выполнившим царский приказ. Оружничий Вяземский умер в тюрьме, ясельничий Зайцев был повешен на воротах собственного дома. Среди высших дворцовых чинов уцелел один постельничий Дмитрий Годунов. Его выручил свояк Малюта Скуратов.
Падение старого опричного руководства разрушило круговую поруку, связывавшую членов опричной думы. Состав думы пополнился земцами, многие их которых испытали злоупотребления опричнины. Члены новой опричной думы, по-видимому, стали сознавать опасность деморализации охранного корпуса. Опричники, повествует Штаден, творили в земщине такие беззакония, что сам великий князь объявил наконец: «Довольно!». Казнь Басманова ознаменовала конец целой полосы в истории опричнины. Подвергнув опале тех, кто создал опричнину, царь велел подобрать жалобы земских дворян и расследовать самые вопиющие преступления опричников.
Московские князья пролили немало крови, чтобы сокрушить великокняжеские столицы и Новгородскую «республику». К 1569 г. Иван IV собрал в опричнине почти все великокняжеские столицы Владимиро-Суздальской земли — Суздаль, Ярославль, Ростов. Осенью 1571 г. в опричнину была зачислена половина Новгорода Великого. Опричнина все более напоминала некую антимосковскую коалицию, противостоящую оплоту боярской крамолы — столице.
Царь отменил опричнину в конце лета 1572 г. При этом он сохранил «двор», включавший «дворовую думу» и реорганизованный охранный корпус. Желая предотвратить критику сумасбродной затеи, самодержец запретил подданным упоминать самое имя опричнины.
Отмена опричнины означала прекращение чрезвычайного положения. Чтобы сохранить неограниченную власть и помешать московской Боярской думе вернуть себе прежнее влияние, царь сделал новый неожиданный ход. Он решил противопоставить боярской Москве поместный Новгород и тем самым ограничить влияние «царствующего града». Виднейшие руководители «двора» и многие «дворовые» дети боярские отказались от поместий в опричных уездах и получили обширные поместья в земских пятинах Новгорода. В начале 1574 г. в Литве стало известно, что Иван IV посадил наследника «на царство на Новгороде Великом». Пожалование носило скорее всего формальный характер, но оно возвело царевича Ивана в ранг соправителя отца. Грозный не забыл, что его отец Василий III получил сначала новгородский, а затем московский трон.
Поели гибели М. Скуратова иерархию дворовых чинов возглавил В. И. Умного-Колычев, ставший «дворовым» боярином. Первое послеопричное правительство просуществовало около трех лет. Борьба в недрах «дворовой» думы разрешилась кровью. Одержав верх, Б. Бельский, Нагие и Годуновы послали на эшафот В. И. Умного. Розыск о «заговоре» дворовых чинов вылился во второе «новгородское дело». В измене были заподозрены лица из ближайшего окружения наследника царевича Ивана. Как правитель Новгорода царевич был тесно связан с высшими должностными лицами города. В конце опричнины в Новгород был прислан архиепископ Леонид, а опричную администрацию Новгорода возглавил А. Старого-Милюков. В 1575 г. Леонид был арестован и умер в заточении, а Милюков казнен. Несколько позже царь приказал убить П. В. Юрьева-Захарьина, брата и придворного наследника престола.