Приход на митрополию Макария и реформы благоприятствовали оживлению церковной мысли. После двадцатилетнего заточения получил свободу Максим Грек, вновь взявшийся за перо. Ратуя за духовное возрождение общества, Максим выступил с яркой обличительной проповедью против монастырских стяжаний, ростовщичества, лихоимства. Ученики Нила Сорского, затаившиеся после расправы с Вассианом Патрикеевым в своих скитах на Белоозере, подняли голову. Их признанным вождем стал старец Артемий из Порфирьевой пустыни. По инициативе сторонников реформ Артемий был вызван с Белоозсра и занял пост игумена Троице-Сергиева монастыря. Монастырь был один из крупнейших землевладельцев страны, и из-за разногласий с монахами старцу пришлось вскоре покинуть свой пост. Вслед за своим учителем Нилом Артемий осуждал мысль о греховности чтения Евангелия простыми людьми, не видел еретичества во всякой вольной мысли, стремящейся познать истину. Артемий не признавал авторитет учителя осифлян Иосифа Санина, настоявшего на сожжении еретиков в 1504 г. В кругу учеников Артемий выражал сомнения по поводу вины казненных вольнодумцев. Выступления Артемия воскресили давний конфликт между нестяжателями и осифлянами. Конфликт имел принципиальное значение для судеб русской духовной культуры. Победа нестяжателей обеспечила бы более свободное развитие русской мысли. Однако верх одержали осифляне, организовавшие суд над московскими вольнодумцами Матвеем Башкиным и знатными дворянами Борисовыми. Поборник Евангелия Башкин отстаивал идеи любви к ближнему и равенство людей. Подобно Максиму Греку, Ивану Пересветову и Сильвестру Башкин заявлял о недопустимости рабства (холопства). Он освободил своих холопов и призывал других сделать то же. На суде Башкина и Борисовых обвинили в том, что они «развратно» толковали Евангелие, «хулили» Христа, утверждая его неравенство с Богом-отцом, называли иконы «идолами окаянными», считали баснословием «все божественное писание». Получив донос на Башкина, царь решил поручить розыск о ереси Максиму Греку и Артемию. Однако те отказались быть судьями. Тогда за розыск взялись осифляне. Не выдержав пыток, Башкин признал себя виновным и сказал, что принял «злое учение» из Литвы. Осифляне были недостаточно осведомлены о взглядах протестантов и поспешили объявить Башкина и его учителей «латинниками» (католиками). Однако Курбский называл русских вольнодумцев лютеранами. Взгляды Башкина и Борисовых служили эхом Реформации, бушевавшей в Европе.
Во время суда и розыска Артемий без ведома царя уехал из столицы на Белоозеро. За такое самовольство он был арестован и доставлен в Москву под стражей. Артемий не считал злоумышленником Башкина, не считал его толкования Евангелия еретическими, а потому старца сочли единомышленником еретика. С обвинениями против Артемия выступили игумен Кирилло-Белозерского монастыря Симеон, бывший игумен Ферапонтова монастыря Нектарий и др. Заволжские старцы лишились поддержки северного центра русской духовности — Кирилло-Белозерского монастыря, что и предопределило судьбу нестяжательства в целом. Артемий был отлучен от церкви и сослан на Соловецкие острова. Власти арестовали также «сообщника» Артемия Феодосия Косого. Беглый холоп Феодосии подвергал самой решительной критике институт рабства и с позиций рационализма критиковал священное писание: отвергал догмат о Троице, видел в Христе не Бога, а человека, отрицал бессмертие души, не верил в чудеса.
При Иване III разоблачение вольнодумцев завершилось их сожжением на костре. Иван IV, увлеченный идеями реформ, воспротивился казням. Башкин попал в тюрьму, старец Артемий — в Соловецкий монастырь. Большинству осужденных удалось впоследствии бежать в Литву. Некоторые из них примкнули к Реформации. Один из русских еретиков заслужил в Литве название «второго Лютера». В Москве его должны были сжечь на костре, но, по словам еретика, царь отменил смертный приговор.
Процесс Башкина воздвиг барьер на пути западных культурных влияний, шедших на смену византийской традиции. Показательна история введения на Руси книгопечатания.